总包对分包的罚款是否合法，主要取决于双方合同中的约定以及罚款的合理性。以下是对此问题的详细分析：
不合法的情况：
- 法律本质角度：罚款作为行政处罚措施，通常只能由具有行政处罚权的行政机关实施。总包与分包之间为平等的民事主体关系，总包并不具备行政处罚权，因此不能直接以“罚款”名义对分包进行金钱处罚。若总包未经合同约定或法律规定，擅自对分包进行罚款，这种行为在法律上是不被认可的。
- 缺乏合同约定：若双方合同中未约定违约惩罚条款，总包随意对分包进行罚款即构成无合同依据的行为。分包有权拒绝这种无依据的罚款，并可以通过法律途径寻求救济，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
合法的情况：
- 合同有明确约定：当总包与分包签订的合同中明确规定了特定情形下的违约责任承担方式，如支付违约金或赔偿损失，并且这些约定不违反法律法规的强制性规定时，总包依据合同条款要求分包支付相应款项是合法的。这种基于合同约定的违约责任承担方式，虽然可能在实际操作中表现为“罚款”的形式，但其本质并非行政处罚意义上的“罚款”，而是合同双方约定的违约责任。
- 罚款金额合理：即便合同中有罚款约定，罚款金额也必须合理，不能远超实际损失。如果罚款金额过高，远远超出因分包违约行为给总包造成的实际损失，分包方有权请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。因此，在设定罚款金额时，总包应充分考虑分包违约行为的严重程度和实际损失情况，确保罚款金额的合理性。
在实际操作中，建议总包和分包在签订合同时，应明确约定相关条款，包括违约责任的承担方式、罚款的具体情形和标准等。这样可以在发生纠纷时，有明确的合同依据可供参考，减少不必要的法律争议。
若分包认为总包的罚款不合理或不合法，首先可以尝试与总包进行沟通协商，了解罚款的具体事由和依据。若协商不成，分包可以通过法律途径来维护自身的合法权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
总之，总包对分包的罚款合法性取决于合同中的约定及罚款的合理性。在签订合同时，双方应明确约定相关条款，以确保各自权益得到保障。若遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。