若收到工伤认定协助调查通知书后不同意其内容，可通过书面回函明确表达异议并附上相关证据材料；若对回函处理结果仍不满意，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。以下是具体分析：

1. 书面回函表达异议
   收到工伤认定协助调查通知书后，若对其中内容（如事故经过、责任划分、是否属于工伤范围等）存在异议，应在规定期限内（通常为15-30日，具体以通知书要求为准）通过书面形式向工伤认定部门提交回函。回函中需明确说明不同意的具体条款及理由，并附上相关证据材料（如医疗记录、证人证言、现场照片等），以支持自身主张。例如，若认为事故不属于工作原因导致，可提供非工作时间的考勤记录或工作安排证明。

2. 申请行政复议
   若工伤认定部门在收到回函后仍作出不利决定（如不予认定工伤），可自收到决定书之日起60日内向上一级人力资源和社会保障部门或本级人民政府申请行政复议。复议申请需提交书面材料，包括复议申请书、工伤认定决定书、回函及证据材料等。行政复议机关将重新审查案件事实及法律适用，并作出维持、撤销或变更原决定的复议决定。

3. 提起行政诉讼
   若对行政复议结果仍不满意，或工伤认定部门未在法定期限内作出决定，可自收到复议决定书之日起15日内，或自复议期满之日起15日内，直接向人民法院提起行政诉讼。诉讼中需提交起诉状、工伤认定决定书、复议决定书（如有）及证据材料，由法院对工伤认定行为的合法性进行全面审查，并作出判决。

建议：

• 及时行动：工伤认定程序有严格时限，逾期可能丧失救济权利，需密切关注各环节期限。
  
• 证据固定：所有异议主张均需以证据支撑，建议提前整理医疗记录、劳动合同、工作安排等材料。
  
• 专业协助：若案件事实复杂或法律争议较大，可委托律师协助撰写回函、申请复议或参与诉讼，以提高维权效率。
  

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