若工伤协查函发出后工伤单位不回复，可采取以下措施：

1. 再次发送正式催告函
   首先，建议通过书面形式（如EMS邮寄或电子邮件）向工伤单位发送正式催告函，明确要求其在法定期限内（通常为收到函件后15-30日，具体以地方规定为准）回复协查内容，并告知逾期不回复的法律后果（如可能承担行政责任或影响工伤认定程序）。催告函需加盖公章或由律师签字，以增强法律效力。

2. 向劳动保障行政部门申请介入
   若催告后仍无回复，可向单位所在地的劳动保障行政部门（如人社局工伤科）提交书面申请，要求其依据《工伤保险条例》第十九条、第六十三条等规定，责令工伤单位配合调查。行政部门有权对拒不配合的单位进行处罚（如罚款、通报批评），并可直接调取单位相关证据（如考勤记录、工资表等）作为工伤认定的依据。

3. 在工伤认定程序中主张单位不配合的后果
   在申请工伤认定时，若单位未在规定期限内提交证据或拒不配合调查，劳动保障行政部门可依据《工伤认定办法》第十七条，根据申请人提供的材料（如医疗证明、证人证言等）或调查取得的证据，直接作出工伤认定决定。此时，单位需承担举证不能的不利后果，即其未回复协查函的行为可能被视为默认申请人主张的事实。

4. 通过劳动仲裁或诉讼解决争议
   若工伤认定后单位仍不认可结果，或拒绝支付工伤待遇，可依据《劳动争议调解仲裁法》向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求单位支付医疗费、停工留薪期工资等费用。若对仲裁结果不服，可向法院提起诉讼。在仲裁或诉讼中，单位不回复协查函的行为可能被作为其恶意拖延的证据，影响法院对其主观恶意的认定。

注意事项：

• 保留所有发送协查函、催告函的凭证（如邮寄回执、电子邮件截图），以证明已履行法定程序；
  
• 及时与劳动保障行政部门沟通，了解工伤认定进展，避免因单位不配合导致程序延误；
  
• 若单位存在故意隐匿、伪造证据等行为，可向公安机关报案，追究其刑事责任（如《刑法》第三百零七条规定的帮助毁灭、伪造证据罪）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。