即使工资被拖欠了三年且没有直接证据，您仍然有多种法律途径来维护自己的合法权益。以下是从不同角度为您详细分析的解决方案：

一、积极收集间接证据

在工资被拖欠的情况下，收集证据是维权的第一步。即便没有直接证据，您仍可以通过以下方式收集间接证据：

1. 与用人单位沟通并记录：尝试与用人单位进行平和沟通，记录其承认拖欠工资的内容，如聊天记录、录音录像等，这些记录可作为间接证据。同时，也可以要求补签工资欠条或还款计划等书面材料，明确注明拖欠工资的具体金额和时间。
2. 收集工作相关证据：包括考勤记录、工作成果相关证据（如项目文件、工作报告、业务往来邮件、工作聊天记录等）、同事证言以及个税完税证明、银行工资账单等。这些都能在一定程度上证明您的工作情况以及工资被拖欠的事实。
3. 保存沟通记录：与用人单位就工资问题进行沟通时的聊天记录或录音录像，也是重要的证据来源。但需注意，录音录像应在不违反法律法规和道德规范的前提下进行。

二、向劳动监察部门投诉

您可向当地劳动监察部门投诉，详细说明工作及拖欠工资的情况。劳动监察部门会对投诉进行调查核实，若情况属实，会责令用人单位尽快支付工资。投诉时，您应携带身份证、能证明与用人单位存在劳动关系的相关材料以及上述收集的间接证据。

三、申请劳动仲裁

即使没有直接证据，您也可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资。在仲裁过程中，您应积极举证，说明自己的主张。同时，根据法律规定，对于是否支付工资的劳动争议，应由用人单位承担举证责任。如果用人单位不能举证证明已支付工资，劳动仲裁机构可能会作出不利于公司的裁决。

四、启动民事诉讼

若对仲裁结果不满意，您可在规定期限内向法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，您需遵循民事诉讼的程序和规则，向法院提交起诉状、证据等相关材料。法院将对案件进行审理，并根据法律规定和事实情况作出判决。若用人单位仍不履行判决，您可向法院申请强制执行。

五、注意事项

1. 保留证据：在整个维权过程中，您务必注意保留所有与欠薪问题相关的证据材料，以备后续使用。
2. 及时维权：虽然工资拖欠了三年，但您仍应尽快采取行动，避免超过法定的时效期限（一般为三年，但具体可能因地区和案件性质而异，需结合实际情况判断），确保自身权益得到有效维护。
3. 寻求专业帮助：若经济状况较为困难或法律知识不足，您可向法律援助中心寻求帮助，或直接向我咨询以获取更具体的法律建议。

总结来说，即使在没有直接证据的情况下，您仍然有多种途径来维护自己的合法权益。建议您根据实际情况选择合适的维权方式，并积极行动以追回被拖欠的工资。如果您在维权过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。