核心结论：员工超年（通常指超过法定工作时长或未及时支付工资超过一定期限）的情况下，公司补发工资的方式主要取决于具体情形，包括是否超过法定加班时长、是否拖欠工资以及双方是否有特别约定等。以下是几种常见情况的补发工资方式：

1. 加班工资补发：

   • 情形描述：若员工超年指的是超过法定工作时长（如每月加班超过36小时），公司应依法支付加班工资。
   • 补发方式：根据《劳动法》及相关规定，工作日加班应支付不低于工资150%的加班费，休息日加班且未安排补休的应支付不低于工资200%的加班费，法定节假日加班应支付不低于工资300%的加班费。公司需按照这些标准计算并补发加班工资。

2. 拖欠工资补发：

   • 情形描述：若员工超年指的是公司长期拖欠工资，未按时足额支付劳动报酬。
   • 补发方式：公司应立即补发所有拖欠的工资，并可能需支付拖欠工资的赔偿金（根据《劳动合同法》第八十五条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金）。

3. 双方特别约定下的补发：

   • 情形描述：若员工与公司之间有特别约定（如年终奖、绩效奖金等未按时发放），且该约定不违反法律法规的强制性规定。
   • 补发方式：公司应按照双方约定补发相应款项。若约定不明确或存在争议，可依据公司规章制度、行业惯例或相关法律法规进行协商或诉讼解决。

行动建议：

• 收集证据：员工应收集与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、加班记录等，以证明公司存在拖欠或未足额支付工资的情况。
• 与公司协商：在掌握充分证据的基础上，员工可与公司进行协商，要求公司按照法律规定或双方约定补发工资。
• 申请劳动仲裁或提起诉讼：若协商无果，员工可向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，要求公司补发工资并支付可能的赔偿金。

注意事项：

• 员工在维护自身权益时，应确保自己的行为合法合规，避免采取过激行为。
• 若对法律程序不熟悉，建议寻求专业法律人士的帮助，以确保自身权益得到有效维护。