当员工的工资超出5000元时，其发放方式实际上会涉及到个人所得税的计算与扣除。以下是一个详细且清晰的解答流程，帮助您理解这一过程：
一、理解应纳税所得额的计算
首先，我们需要明确应纳税所得额是如何计算的。应纳税所得额是每一纳税年度收入额减除特定扣除项目后的余额。对于工资薪金所得，其计算公式可以简化为：
应纳税所得额 = 年度收入总额 - 60000元（基本费用扣除，即每月5000元×12个月） - 专项扣除（如五险一金） - 专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等） - 依法确定的其他扣除
在按月预扣预缴的情况下，我们使用的是累计预扣预缴应纳税所得额的计算公式，它考虑了从年初到当前月份的累计收入和扣除情况。
二、确定适用税率和速算扣除数
接下来，我们需要根据应纳税所得额来确定适用的税率和速算扣除数。个人所得税采用超额累进税率，税率从3%到45%不等，具体取决于应纳税所得额的大小。您可以参考最新的个人所得税税率表来查找对应的税率和速算扣除数。
三、计算应纳税额
有了应纳税所得额、适用税率和速算扣除数，我们就可以计算应纳税额了。计算公式为：
应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
这个公式将帮助我们确定每个月需要预扣预缴的个人所得税金额。
四、实际发放工资
在发放工资时，用人单位会从员工的工资中扣除应纳税额以及专项扣除（如五险一金）等，然后将剩余部分发放给员工。例如，如果员工的月工资为10000元，五险一金每月缴纳1600元，有一个子女正在接受全日制学历教育（每月可扣除1000元专项附加扣除），且没有其他扣除项目，那么：
五、年度汇算清缴
最后，需要注意的是，工资薪金所得一般是由扣缴义务人（通常是用人单位）按月或者按次预扣预缴税款。但年度终了后，纳税人需要办理汇算清缴，根据全年收入和扣除情况计算实际应纳税额，多退少补。这是为了确保税收的准确性和公正性。
综上所述，当员工的工资超出5000元时，其发放方式会涉及到个人所得税的计算与扣除。用人单位会根据相关法律法规和税率表来准确计算应纳税额，并在发放工资时进行扣除。希望这个解答能够帮助您更好地理解这一过程。