企业发放工资的方式与工人工资是否超过5000元并无直接关联，企业应按照劳动合同约定的工资数额，依法、足额、及时地发放工资。不过，当工人工资超过5000元时，企业需要注意以下与税务、社保及合规性相关的要点：

1. 个人所得税的代扣代缴：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，工资、薪金所得属于个人所得税的征税范围。当工人的月工资超过5000元时，超出部分需要按照相应的税率缴纳个人所得税。
   • 企业作为扣缴义务人，有责任在发放工资时，根据税法规定计算并代扣代缴工人的个人所得税，确保税款的及时、足额缴纳。

2. 社保费用的缴纳：

   • 社保费用（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险）的缴纳基数通常与工人的工资水平相关。当工资超过一定标准时，社保费用的缴纳基数也会相应提高。
   • 企业需要按照当地社保政策的规定，根据工人的实际工资水平计算并缴纳社保费用，确保工人的社保权益得到保障。

3. 工资发放的合规性：

   • 企业应确保工资发放的合规性，包括但不限于：按照劳动合同约定的时间和方式发放工资、提供工资条或工资明细、确保工资数额的准确无误等。
   • 当工人工资超过5000元时，企业更应注重工资发放的合规性，避免因工资发放问题而引发的劳动争议或法律风险。

4. 税务筹划与合规建议：

   • 企业可以在合法合规的前提下，通过合理的税务筹划来降低税负，如利用税收优惠政策、合理安排工资发放时间等。
   • 企业应加强对税务政策的学习和了解，确保在工资发放过程中遵守相关税法规定，避免因税务问题而引发的法律风险。

企业在发放工资时，应重点关注个人所得税的代扣代缴、社保费用的缴纳、工资发放的合规性以及税务筹划与合规建议等方面。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。