核心结论：工厂人事科发现员工是三级智力精神残疾人后，具体处理方式需分情况讨论，主要涉及是否影响工作、是否符合录用条件以及工厂是否尽到相应义务等方面。以下是详细分析：
- 若该残疾不影响员工正常履行工作职责且符合录用条件
- 工厂无合理理由不得歧视或拒绝转正：根据《劳动法》《就业促进法》等相关法律法规，用人单位招用人员，不得以是残疾人为由拒绝录用。只要该员工能够胜任所应聘岗位的工作，具备正常履行工作职责的能力，工厂就不能仅仅因为其是三级智力精神残疾人而拒绝为其办理转正手续。例如，员工从事的是一些简单的、不需要复杂智力或精神高度集中的工作，如简单的装配工作、数据录入工作等，且其工作表现良好，能够按时、按质、按量完成工作任务。
- 工厂应保障其平等就业权利：工厂有义务为该员工提供与其他员工同等的就业机会和待遇，包括转正、晋升、培训等方面。如果工厂拒绝转正，员工可以与工厂进行协商，要求工厂说明拒绝转正的理由。若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
- 若该残疾影响员工正常履行工作职责或不符合录用条件
- 工厂可依据规定处理，但需注意程序合法：如果经过评估，该员工的智力精神残疾确实导致其无法胜任所应聘岗位的工作，或者该岗位本身对员工的智力、精神状况有特殊要求，而该员工不符合这些要求，工厂可以依据相关规定不为其办理转正手续。但工厂在处理过程中需要注意程序的合法性，例如，要有明确的岗位录用标准和评估机制，对员工的评估过程要公正、透明，并且要保留相关的证据材料。
- 工厂应给予合理调整岗位的机会（如有可能）：根据《残疾人保障法》等相关规定，用人单位应当根据残疾职工的特点，提供适当的劳动条件和劳动保护，并根据残疾职工的实际情况，对其工作岗位进行合理调整。如果工厂有其他适合该员工的岗位，且该员工也愿意接受调整，工厂可以考虑为其调整岗位，而不是直接拒绝转正。
- 工厂未尽到相应义务的情况
- 若工厂未进行合理评估直接拒绝转正：如果工厂在发现员工是三级智力精神残疾人后，没有对该员工的工作能力进行合理的评估，就直接拒绝为其办理转正手续，这种行为可能构成就业歧视。员工可以通过法律途径维护自己的权益，要求工厂承担相应的法律责任，如赔偿损失、恢复劳动关系等。
- 若工厂未提供必要的劳动保护和便利：工厂有义务为残疾员工提供必要的劳动保护和便利，以保障其能够正常工作。如果工厂没有履行这些义务，导致员工在工作中遇到困难或受到伤害，工厂也需要承担相应的法律责任。例如，工厂没有为员工提供适合其身体状况的工作设备和工具，或者没有对工作环境进行必要的改造等。
建议：
- 对于员工：如果遇到工厂不合理拒绝转正的情况，要及时收集相关证据，如工作表现记录、与工厂的沟通记录等，以便在维护自己的权益时能够提供有力的支持。同时，可以寻求当地残联、工会等组织的帮助，他们可以为你提供法律咨询和协助你与工厂进行协商。
- 对于工厂：在处理此类问题时，要严格遵守相关法律法规，确保处理程序的合法性和公正性。在招聘和录用过程中，要明确岗位的录用标准和要求，并在招聘公告中予以说明。对于残疾员工，要给予更多的关心和帮助，提供必要的劳动保护和便利，营造一个公平、包容的就业环境。