结论：邻居在综合商住楼的自家房产内开饭店是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及房屋用途规划、是否取得相关许可及是否影响其他业主权益等方面。以下从不同角度详细分析：
一、房屋用途规划角度
规划用途：
- 综合商住楼通常包含商业和住宅两种用途。若邻居的房产规划用途明确为商业，且开饭店属于商业用途范畴，那么从房屋用途规划角度看，是具备一定合法性的基础。
- 若规划用途为住宅，则邻居将住宅改为经营性用房（开饭店）需符合《民法典》中关于“住改商”的规定。根据《民法典》第二百七十九条，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。业主将住宅改变为经营性用房的，除遵守法律、法规以及管理规约外，应当经有利害关系的业主一致同意。这里的“有利害关系的业主”通常指本栋建筑物内的其他业主，以及建筑区划内本栋建筑物之外，但能证明其房屋价值、生活质量受到或者可能受到不利影响的业主。
实际用途与规划用途不符的处理：
- 若邻居未经规划部门批准，擅自改变房屋用途，将住宅改为商业用途开饭店，属于违法行为。规划部门有权责令其恢复原状，并可能处以罚款等行政处罚。
二、相关许可角度
营业执照：
- 无论房屋规划用途如何，开饭店都需要办理营业执照。若邻居未取得营业执照而擅自经营，属于无证经营，工商行政管理部门有权依法予以查处，包括责令停止经营活动、没收违法所得、罚款等。
其他许可：
- 开饭店还可能涉及食品经营许可、消防安全许可、环保许可等。若邻居未取得这些许可而擅自开业，同样会面临相关部门的处罚。
三、影响其他业主权益角度
噪音、油烟等污染：
- 若邻居开饭店产生的噪音、油烟等污染影响了其他业主的正常生活，其他业主有权要求邻居停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。根据《民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
公共区域使用：
- 若邻居开饭店占用了楼栋的公共区域（如楼梯间、走廊等），影响了其他业主的正常通行和使用，其他业主也有权要求邻居恢复原状、赔偿损失等。
四、建议与措施
与邻居协商：
- 若您发现邻居在综合商住楼的自家房产内开饭店存在上述问题，首先可以尝试与邻居进行友好协商，表达您的关切和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
向相关部门投诉：
- 若协商无果，您可以向规划部门、工商行政管理部门、环保部门等相关部门投诉邻居的违法行为，要求相关部门依法予以查处。
寻求法律救济：
- 若邻居的行为严重影响了您的正常生活，且相关部门未能及时有效处理，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起相邻权纠纷诉讼等。
总结：邻居在综合商住楼的自家房产内开饭店是否合法，需综合考虑房屋用途规划、是否取得相关许可及是否影响其他业主权益等多方面因素。若您对此有疑问或发现邻居存在违法行为，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。