在工商认定书尚未出具的情况下与老板签协议，确实需要谨慎处理，因为这涉及到您的权益保障问题。以下是一些建议，希望能帮助您更好地应对这种情况：
首先，强烈建议您等待工商认定书出具后再进行协商和签订协议。工商认定书是确定您是否属于工伤、工伤等级以及享受相应工伤保险待遇的重要依据。在没有这份认定书的情况下，您可能无法准确了解自己的权益范围，从而在与老板协商时处于不利地位。
如果由于某些特殊原因，您确实需要在工商认定书出具前与老板签订协议，那么您需要注意以下几点：
协商过程录音：为了保障自己的权益，建议您在协商过程中进行录音。这样，如果后续出现争议，您就有证据来证明协商的内容和过程。
明确协议内容：在协议中，您需要明确写清楚赔偿金额（包括大小写）、支付时间、支付方式等关键信息。同时，也要注明如果到期未付清，老板需要支付的违约金数额，以防止老板拖欠赔偿。
要求公司盖章：协议必须由公司加盖公章，以确保其法律效力。如果公司拒绝盖章，那么这份协议可能无法得到法律的有效保护。
保留原件：签订协议后，您一定要保留一份原件作为自己的证据。这样，在后续需要维权时，您就有充分的证据来支持自己的主张。
了解法律风险：在签订协议前，您最好咨询一下专业的法律人士，了解在没有工商认定书的情况下签订协议可能存在的法律风险。这样，您就可以更加谨慎地处理这个问题，避免因为不了解法律而损害自己的权益。
最后，我想强调的是，虽然与老板签订协议可能是一种解决工伤问题的途径，但等待工商认定书出具后再进行协商和签订协议是更加稳妥和明智的选择。因为只有这样，您才能更加准确地了解自己的权益范围，从而在与老板协商时占据有利地位，更好地保障自己的合法权益。