核心结论：市场监督管理局没收违法所得时，若违法所得已投入到货款中，并不影响违法所得的认定与没收，但具体没收方式会结合实际情况处理，通常不会直接没收货物本身，而是通过折算价值等方式实现没收目的。以下是详细分析：

1. 违法所得的本质与认定
   违法所得是指行为人通过违法行为所获得的利益，其本质是“非法收益”。根据《行政处罚法》第二十八条，行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或限期改正违法行为，并没收违法所得。违法所得的形态不限于现金，只要能够证明其来源非法且具有经济价值（如货物、财产性权益等），均可被认定为违法所得。
   若违法所得已投入货款购买货物，这些货物仍属于违法所得的转化形态。例如，行为人通过销售假冒商品获得收入，随后用该收入购买原材料继续生产，原材料的价值仍属于违法所得的延伸。

2. 没收违法所得的具体操作
   市场监督管理局在执法中，会遵循“违法所得与合法财产分离”原则。若违法所得已转化为货物，通常不会直接没收货物（除非货物本身属于违法物品，如假冒商品），而是通过以下方式处理：

   • 折算价值没收：对货物进行评估，确定其市场价值或实际成本，要求当事人以等值现金缴纳违法所得；
     
   • 责令变卖后没收：若货物可合法流通，可责令当事人变卖货物，将变卖所得上缴国库；
     
   • 直接没收货物（特殊情形）：若货物本身属于违法物品（如无证经营的商品、禁止流通物），则直接没收货物本身。
     

3. 当事人的权利与救济途径
   若当事人认为市场监督管理局的没收决定违法或不合理，可通过以下途径维权：

   • 申请行政复议：在收到处罚决定书之日起60日内，向上一级市场监督管理部门或本级人民政府申请复议；
     
   • 提起行政诉讼：在收到处罚决定书之日起6个月内，向人民法院提起诉讼，要求撤销或变更处罚决定。
     

温馨提示：若您遇到此类问题，建议保留相关证据（如交易记录、货物清单、处罚决定书等），以便在复议或诉讼中维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。