在工伤认定行政诉讼中，法院一般不能直接否定已经生效的劳动关系裁决书所认定的事实劳动关系，但在特定情况下，法院可能不采纳该裁决书中的相关认定。以下从不同角度进行详细分析：
一、生效裁决书的法律效力
生效的劳动关系裁决书，如劳动争议仲裁委员会作出的仲裁裁决或法院作出的民事判决，具有既判力。这意味着，一旦裁决书或判决书生效，其认定的事实和作出的裁决在一般情况下是终局的，对当事人具有法律约束力。在工伤认定行政诉讼中，如果劳动关系已经由生效的裁决书或判决书确认，那么这一确认通常应当作为工伤认定的事实基础。
二、法院对生效裁决书的审查态度
尊重既判力原则：
- 法院在审理工伤认定行政诉讼时，通常会尊重生效裁决书的既判力，不会轻易否定其中认定的事实劳动关系。这是因为，既判力是司法权威和稳定性的重要体现，如果法院随意否定生效裁决，将损害司法的公信力和当事人的合法权益。
审查裁决书的合法性与合理性：
- 尽管法院尊重既判力，但并不意味着对生效裁决书中的所有内容都无条件接受。如果法院认为裁决书存在违法情形（如程序违法、证据不足、适用法律错误等）或明显不合理之处，可能会在工伤认定行政诉讼中不采纳该裁决书中的相关认定。不过，这种情况相对较少，且需要法院有充分的理由和证据支持。
三、特定情况下的处理
新证据的出现：
- 如果在工伤认定行政诉讼过程中，出现了新的证据，足以推翻生效裁决书中认定的事实劳动关系，那么法院可能会根据新证据重新认定事实。但这种情况需要新证据具有足够的证明力和关联性，且能够形成完整的证据链。
裁决书被撤销或变更：
- 如果生效的裁决书在工伤认定行政诉讼期间被其他法院撤销或变更，那么法院在审理工伤认定案件时，将不再受原裁决书的约束，而是会根据新的裁决结果或事实情况进行认定。
行政诉讼的特殊性：
- 工伤认定属于行政确认行为，其合法性需要接受司法审查。在行政诉讼中，法院有权对行政行为的合法性进行全面审查，包括审查行政行为所依据的事实和证据。因此，如果法院认为工伤认定部门在认定劳动关系时存在错误或不当之处，且这种错误或不当之处影响了工伤认定的合法性，那么法院可能会在判决中指出并纠正这种错误或不当之处。但这并不意味着法院直接否定了生效裁决书中的事实劳动关系认定，而是基于行政诉讼的特殊性对工伤认定行为进行了审查。
四、法律建议
- 对于劳动者：如果您的劳动关系已经由生效的裁决书或判决书确认，且您认为该确认是正确的，那么在工伤认定行政诉讼中，您可以积极提供该裁决书或判决书作为证据，以支持您的工伤认定申请。
- 对于用人单位：如果您认为生效的裁决书或判决书中认定的事实劳动关系存在错误或不当之处，且这种错误或不当之处影响了工伤认定的合法性，那么您可以在工伤认定行政诉讼中提出异议，并提供相关证据支持您的观点。但需要注意的是，您需要确保您提供的证据具有足够的证明力和关联性，且能够形成完整的证据链。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。