在工伤认定案件中，劳动关系通常以法院生效判决为依据，这一做法主要基于以下法律逻辑和实务操作：

1. 法律效力的确定性
   法院生效判决具有既判力，即判决结果对当事人具有法律上的约束力，非经法定程序不得撤销或变更。在工伤认定中，劳动关系的存在是前提条件。若双方对劳动关系存在争议，法院生效判决作为权威法律文书，能够直接确认劳动关系的存在与否，为工伤认定提供明确依据。
   例如：若劳动者与用人单位未签订书面劳动合同，但法院生效判决确认双方存在事实劳动关系，则工伤认定部门可直接依据该判决认定劳动关系，无需重复审查。

2. 避免程序重复与矛盾
   若工伤认定部门在劳动关系存在争议时自行认定，可能导致其认定结果与法院后续判决矛盾，损害司法权威。以法院生效判决为依据，可确保工伤认定与司法裁判的一致性，避免程序重复和资源浪费。
   法律依据：根据《工伤保险条例》第十八条，提出工伤认定申请需提交“与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料”。若劳动关系已通过法院生效判决确认，该判决即构成法定证明材料。

3. 实务操作中的优先性
   在劳动争议中，劳动关系确认通常需通过劳动仲裁或诉讼程序解决。若劳动者已就劳动关系提起仲裁或诉讼，工伤认定部门应中止工伤认定程序，待法院生效判决作出后恢复。这一操作模式已形成实务惯例，旨在保障程序公正与效率。
   例外情形：若劳动者未就劳动关系提起争议，或用人单位未在法定期限内对劳动关系提出异议，工伤认定部门可直接依据现有证据（如工资记录、工作证等）认定劳动关系。

实务建议：

1. 劳动者：若与用人单位未签订书面劳动合同，发生工伤后应优先通过劳动仲裁或诉讼确认劳动关系，再申请工伤认定。保留工资支付记录、工作证、考勤记录等证据，以支持劳动关系主张。
   
2. 用人单位：若对劳动关系存在异议，应在工伤认定程序中及时提出，并申请中止程序以通过法律途径解决争议。避免因未及时主张权利导致工伤认定结果不利。
   

总结：法院生效判决是工伤认定中确认劳动关系的权威依据，既保障了法律适用的统一性，也避免了程序重复。若您在工伤认定中遇到劳动关系争议，可直接向我咨询具体操作流程和证据准备要点。