结论：员工是否违反保密协议，取决于多个因素，包括保密协议的具体内容、员工使用公司内部资料的具体情况以及是否给公司造成了损失等。以下将从不同角度进行详细分析。

一、保密协议的具体内容

1. 保密范围：首先，需要查看保密协议中是否明确规定了公司内部资料属于保密范围。如果协议中明确列出了需要保密的资料类型或范围，并且员工使用的资料属于这一范围，那么员工的行为就可能构成违约。

2. 保密义务：保密协议中通常会规定员工的保密义务，包括不得泄露、不得使用于非公司业务等。如果员工将公司内部资料用于诉讼，且这一行为未经公司同意，且资料属于保密范围，那么员工就违反了保密义务。

3. 违约责任：保密协议中还会规定违约责任，包括违约金、赔偿损失等。如果员工违反了保密协议，公司有权要求员工承担相应的违约责任。

二、员工使用公司内部资料的具体情况

1. 使用目的：员工使用公司内部资料用于诉讼，这一行为本身并不直接决定是否违反保密协议。关键在于员工的使用目的是否正当，以及是否得到了公司的授权或同意。如果员工是为了维护公司利益而使用资料，且得到了公司的明确授权，那么这一行为就不构成违约。

2. 使用方式：员工使用资料的方式也是判断是否违约的重要因素。如果员工在诉讼中泄露了公司的商业秘密或敏感信息，给公司造成了损失，那么这一行为就构成了违约。

3. 是否造成损失：即使员工的使用行为未经公司同意，但如果并未给公司造成实际损失，公司也可能难以主张违约责任。然而，这并不意味着员工的行为就是合法的，公司仍然有权要求员工停止使用并销毁相关资料。

三、法律建议

1. 审查保密协议：公司应首先审查保密协议的具体内容，明确保密范围、保密义务和违约责任等条款。这有助于公司判断员工的行为是否构成违约。

2. 收集证据：如果公司认为员工违反了保密协议，应尽快收集相关证据，包括保密协议、员工使用资料的记录、给公司造成损失的证据等。这些证据将有助于公司在后续的法律程序中维护自己的权益。

3. 与员工沟通：在采取法律行动之前，公司可以尝试与员工进行沟通，了解员工使用资料的具体情况和目的。如果员工的行为是出于误解或无意之举，且愿意停止使用并销毁相关资料，公司可以考虑给予一定的宽限或谅解。

4. 寻求法律帮助：如果公司无法与员工达成一致，或者员工的行为给公司造成了严重损失，公司应寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以为公司提供法律咨询和诉讼代理服务，帮助公司维护自己的权益。

进一步思考：在实际操作中，公司应加强对保密协议的管理和执行力度，确保员工充分了解并遵守保密义务。同时，公司也应建立健全的内部资料管理制度，防止敏感信息的泄露和滥用。如果员工有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。