员工保密协议纠纷是否属于劳动争议，主要取决于保密协议的签订时间、背景及协议双方的主体身份。以下是对此问题的详细分析：
一、属于劳动争议的情况
签订时间与背景：
- 若保密协议是在劳动关系存续期间签订，且作为劳动合同的附件或与劳动合同有紧密关联，那么该保密协议纠纷通常属于劳动争议。
协议内容：
- 保密协议主要涉及因履行劳动权利义务而产生的保密义务，如劳动者在工作过程中知悉的用人单位商业秘密、技术秘密等。
争议处理：
- 此类纠纷应按照劳动争议相关程序处理。劳动者违反保密协议时，用人单位可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工承担违约责任、赔偿损失等。对仲裁裁决不服的，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条明确规定了用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并约定竞业限制条款及违约金。这为处理此类劳动争议提供了明确的法律依据。
二、不属于劳动争议的情况
签订时间与背景：
- 若保密协议是在劳动关系结束后单独签订，或虽在劳动关系存续期间签订但并非作为劳动合同的附件或紧密关联部分，那么该保密协议纠纷可能不属于劳动争议。
协议主体：
- 若签订主体并非用人单位与劳动者，如企业之间签订的保密协议，那么该纠纷更倾向于一般的民事合同纠纷。
争议处理：
- 此类纠纷应按照一般的民事法律规范进行处理。当事人可直接向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，按照民事法律规定追究违约方的责任。
三、总结与建议
- 明确纠纷性质：在处理违反保密协议的纠纷时，首先应明确保密协议的签订时间、背景及协议双方的主体身份，以确定纠纷的性质。
- 遵循相应程序：对于属于劳动争议的情况，应按照劳动争议相关程序处理；对于不属于劳动争议的情况，则应按照民事法律规范进行处理。
- 完善协议条款：建议用人单位在签订保密协议时，明确协议的内容、范围及违约责任等关键条款，以确保协议的合法性和有效性。同时，劳动者在签订保密协议时也应仔细阅读协议条款，了解自己的权利和义务。
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