员工违反保密协议，既可能涉及劳动争议，也可能需要通过诉讼解决，具体取决于保密协议的性质和纠纷的具体内容。以下是对此问题的详细分析：
一、属于劳动争议的情况
签订背景与协议内容：
- 若保密协议是在劳动关系存续期间签订，作为劳动合同的附件或与劳动合同有紧密关联，且主要涉及因履行劳动权利义务而产生的保密义务，如劳动者在工作过程中知悉的用人单位商业秘密、技术秘密等，则此类纠纷通常属于劳动争议。
争议处理流程：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，此类劳动争议应先通过劳动仲裁程序解决。用人单位可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工承担违约责任、赔偿损失等。对仲裁裁决不服的，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条明确规定了用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并约定竞业限制条款及违约金。这为处理此类劳动争议提供了明确的法律依据。
二、不属于劳动争议，需通过诉讼解决的情况
签订背景与协议内容：
- 若保密协议是在劳动关系结束后单独签订，或虽在劳动关系存续期间签订但并非作为劳动合同的附件或紧密关联部分，且签订主体可能并非仅限于用人单位与劳动者（如企业之间签订的保密协议），则此类纠纷更倾向于一般的民事合同纠纷。
争议处理流程：
- 对于此类纠纷，当事人可直接向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，按照民事法律规定追究违约方的责任。无需先经过劳动仲裁程序。
法律依据：
- 虽然《中华人民共和国劳动合同法》主要规范了劳动关系中的保密协议，但对于非劳动关系主体间或劳动关系结束后的保密协议纠纷，应适用《中华人民共和国民法典》等民事法律规范进行处理。
三、特殊情况与建议
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，即使保密协议本身独立于劳动合同，但若员工违反保密协议的行为同时涉及到劳动报酬、解除劳动关系等与劳动关系密切相关的其他劳动争议事项，或者用人单位主张的违约金与劳动关系直接相关，那么对于这些劳动争议部分，可能仍需要先经过劳动仲裁程序。
建议：
- 在处理违反保密协议的纠纷时，首先应明确保密协议的签订时间、背景及协议双方的主体身份，以确定纠纷的性质。对于属于劳动纠纷的情况，应按照劳动争议相关程序处理；对于不属于劳动纠纷的情况，则应按照民事法律规范进行处理。
- 同时，建议用人单位在签订保密协议时，明确协议的内容、范围及违约责任等关键条款，并确保协议的合法性和有效性。这样可以在纠纷发生时，为用人单位提供有力的法律支持。
总结来说，员工违反保密协议是否涉及劳动争议或诉讼，取决于保密协议的性质和纠纷的具体内容。在处理此类纠纷时，应仔细审查保密协议的性质和纠纷的具体内容，以确定正确的处理程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。