总经理因长期未发工资与公司解除劳动关系，是可以主张经济补偿金的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并且用人单位应当向劳动者支付经济补偿。这是法律对劳动者权益的一种保护，旨在确保劳动者在付出劳动后能够获得相应的报酬，如果用人单位违反这一基本义务，劳动者有权选择解除劳动合同，并要求用人单位给予经济上的补偿。

经济补偿金的计算

经济补偿金的计算通常依据劳动者在用人单位的工作年限以及月工资水平来确定。具体来说：

• 工作年限：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
• 月工资：指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（或职工月平均工资三倍，如果月工资高于三倍标准）

实际操作中的注意事项

1. 证据收集：总经理在主张经济补偿金时，需要收集相关证据证明公司长期未发工资的事实，如工资条、银行转账记录、公司内部的工资发放通知等。
2. 解除劳动合同的通知：总经理应当以书面形式向公司发出解除劳动合同的通知，并明确说明解除的原因是公司长期未发工资。
3. 协商与仲裁：在解除劳动合同后，总经理可以先与公司协商经济补偿金的事宜。如果协商不成，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

特殊情况考虑

如果总经理与公司之间存在特殊的约定，如股权激励、高额年薪等，这些因素可能会在经济补偿金的计算中产生影响。此时，需要综合考虑这些特殊因素，确保经济补偿金的计算既合法又合理。

总结与建议：总经理因长期未发工资与公司解除劳动关系时，有权主张经济补偿金。在主张过程中，要注意收集证据、发出书面通知，并考虑特殊情况的影响。如果遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。