董事长被留置，秘书是否会全部交代，这并非一个法律上能直接给出肯定或否定答案的问题，因为它涉及到人的主观行为、案件具体情况以及法律程序等多个方面。以下是我从不同角度为你进行的分析：
秘书的主观行为：
- 秘书是否会全部交代，首先取决于其个人的道德观念、法律意识以及与董事长之间的关系。如果秘书认为交代全部情况是符合道德和法律要求的，或者担心不交代会面临更严重的法律后果，那么其可能会选择全部交代。
- 另一方面，如果秘书与董事长之间存在深厚的私人关系，或者担心交代后会对自己或他人产生不利影响，那么其可能会选择保留部分信息或拒绝交代。
案件具体情况：
- 留置措施通常是在调查涉嫌严重职务违法或职务犯罪时采取的。如果案件涉及的事项与秘书直接相关，或者秘书掌握着关键证据，那么调查机关可能会对秘书进行重点询问，要求其交代全部情况。
- 如果案件与秘书无直接关联，或者秘书所掌握的信息对案件调查帮助不大，那么调查机关可能不会对秘书进行深入询问，秘书也就没有太大的压力去交代全部情况。
法律程序：
- 在法律程序中，秘书作为证人或涉案人员，有义务配合调查机关的调查工作，如实提供所知情况。如果秘书故意隐瞒或歪曲事实，可能会面临法律责任。
- 同时，调查机关在询问秘书时，也会遵循法定程序，保障秘书的合法权益。例如，调查机关不得采取刑讯逼供等非法手段获取口供，秘书也有权拒绝回答与案件无关的问题。
法律建议：
- 对于秘书而言，如果面临被留置或询问的情况，建议保持冷静，如实提供所知情况，不要隐瞒或歪曲事实。同时，也可以寻求法律援助，了解自己的权利和义务，以便更好地应对调查。
- 对于公司而言，如果董事长被留置，公司应尽快了解案件情况，评估对公司的影响，并采取相应的措施。例如，公司可以加强内部管理，防止类似事件再次发生；也可以与调查机关沟通，了解案件进展，以便及时应对。
可能后果：
- 如果秘书如实交代全部情况，且没有涉及违法犯罪行为，那么其通常不会面临法律责任。但如果秘书故意隐瞒或歪曲事实，可能会面临法律责任，如被追究包庇、伪证等罪名的刑事责任。
- 对于公司而言，如果董事长被留置涉及公司违法犯罪行为，公司可能会面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等后果。因此，公司应尽快采取措施，降低风险。
总之，董事长被留置秘书是否会全部交代，取决于多种因素。如果有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。