结论：员工不可以直接以停工的方式应对公司三个月不发工资的情况，但可以通过合法途径来维护自身权益。 具体分析如下：
停工行为的合法性分析
- 劳动合同的约束：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动者和用人单位应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动者有提供劳动的义务，用人单位有支付劳动报酬的义务。如果劳动者擅自停工，可能构成违反劳动合同的行为，用人单位有权依据劳动合同的约定或规章制度对劳动者进行处理，包括但不限于警告、扣发工资、解除劳动合同等。
- 停工的潜在风险：停工不仅可能影响劳动者的收入，还可能对劳动者的职业声誉和未来就业产生负面影响。此外，如果用人单位因此遭受损失，劳动者还可能面临赔偿责任。
应对不发工资的合法途径
- 与用人单位协商：首先，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，了解不发工资的原因，并寻求解决方案。如果用人单位确实存在资金困难等合理原因，双方可以协商延期支付或分期支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并责令用人单位限期支付劳动者的工资报酬。
- 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理未能满足劳动者的诉求，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，并保障劳动者的合法权益。
- 提起诉讼：如果劳动者对劳动仲裁裁决不服，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。人民法院将依法对案件进行审理，并作出判决。
特殊情况下的停工权
- 用人单位的违法行为：在极少数情况下，如果用人单位的违法行为严重侵害了劳动者的合法权益，如长期拖欠工资、不提供劳动条件等，劳动者在符合法定条件的情况下，可以依据《劳动合同法》的相关规定，解除劳动合同并要求用人单位支付经济补偿。但这种情况下的“停工”实际上是指劳动者解除劳动合同的行为，而非擅自停工。
- 集体协商与罢工：在我国，罢工并不是劳动者的一项法定权利。因此，劳动者不能通过罢工的方式来要求用人单位支付工资。然而，劳动者可以通过集体协商的方式与用人单位进行谈判，以维护自身的合法权益。