挂靠中约定税费由谁承担是合法的，但具体合法性需结合合同内容、法律规定及税务管理要求综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同自由原则下的合法性
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在挂靠关系中，双方作为平等的民事主体，有权在合同中约定税费的承担方式。这种约定只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
约定内容合法性：税费承担的约定，本质上是对挂靠关系中经济利益分配的一种安排。只要双方意思表示真实，且该约定不损害国家、集体或第三人的利益，不违反税收法律、行政法规的规定，那么该约定就是合法的。
二、税务管理要求下的合法性
税收法定原则：虽然合同双方可以约定税费的承担方式，但必须遵守税收法定原则。即税费的种类、税率、计税依据等必须由法律、行政法规明确规定，双方不能通过合同约定改变这些法定要素。
实际纳税义务：在挂靠关系中，实际从事经营活动的挂靠方通常是纳税义务人。如果双方约定由被挂靠方承担税费，这并不改变挂靠方的纳税义务。被挂靠方在承担税费后，有权根据合同约定向挂靠方追偿。但这种约定不能免除挂靠方作为实际纳税义务人的法律责任。
税务合规性：双方在约定税费承担方式时，必须确保税务合规性。即按照税收法律、行政法规的规定进行纳税申报、缴纳税款等。如果约定导致税务违规，如偷税、逃税等，那么该约定不仅无效，还可能面临法律制裁。
三、实际操作中的建议
明确约定：在挂靠合同中，双方应明确约定税费的承担方式、金额、支付时间等具体条款。这有助于避免后续纠纷，确保双方权益。
税务合规：双方应确保税务合规性，按照税收法律、行政法规的规定进行纳税申报、缴纳税款等。如果可能，可以咨询专业税务机构或律师，以确保税务处理的合法性和准确性。
风险防控：双方应充分考虑挂靠关系中的法律风险，包括税务风险、合同风险等。在约定税费承担方式时，应评估可能的风险，并采取相应的风险防控措施。
举例说明：假设A公司挂靠B公司从事经营活动，双方在合同中约定由B公司承担所有税费。这种约定在合同自由原则下是合法的，但双方必须确保税务合规性，如按照税收法律、行政法规的规定进行纳税申报、缴纳税款等。如果因约定导致税务违规，如B公司未按时缴纳税款，那么A公司作为实际经营活动的主体，也可能面临法律责任。
总结来说，挂靠中约定税费由谁承担在合同自由原则下是合法的，但必须遵守税收法律、行政法规的规定，确保税务合规性。双方在约定时应明确具体条款，并充分考虑法律风险，采取相应的风险防控措施。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。