结论：公司因绩效不达标扣工资是否合法需分情况判断，若公司制度合法且程序正当，可能合法；若存在制度违法、未协商、克扣超出限度或未足额支付等情况，则不合法。
具体分析如下：
公司制度合法且程序正当的情况
- 制度制定合法：公司要扣绩效工资，首先得有合法有效的绩效考核制度。这个制度得经过民主程序制定，比如和职工代表大会或者全体职工讨论过，还得把讨论结果公示或者告知员工。要是公司没走这些程序，制度可能就不合法，那依据它扣工资也就站不住脚。
- 制度内容合理：绩效考核制度得合理，不能定一些根本完不成的目标。比如公司突然要求员工一个月完成过去一年才能完成的工作量，这显然不合理。而且制度里得明确规定绩效工资的计算方式和扣减标准，不能含糊不清。
- 员工知晓制度：公司得把绩效考核制度告诉员工，让员工知道绩效不达标会扣工资。可以通过培训、签收文件等方式让员工确认知晓。要是员工根本不知道有这个制度，公司就不能依据它扣工资。
- 扣减比例合法：就算员工绩效不达标，公司扣工资也不能没限度。根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
公司制度不合法或程序不正当的情况
- 制度违法：如果公司的绩效考核制度违反了法律法规的强制性规定，比如规定绩效不达标就扣除全部工资，这肯定是违法的，公司不能依据这样的制度扣工资。
- 未与员工协商：调整绩效工资属于变更劳动合同的重要内容，公司得和员工协商一致。要是公司没和员工商量，单方面决定实行绩效考核并扣工资，这种行为是不合法的。
- 克扣超出限度：即使员工绩效不达标，公司扣除的工资超过了法律规定的限度，比如扣除比例超过了当月工资的20%，或者扣除后工资低于当地最低工资标准，这也是不合法的。
- 未足额支付工资：公司应该按照劳动合同的约定和国家规定，向员工及时足额支付劳动报酬。要是公司以绩效不达标为由，拖欠或者未足额支付工资，员工可以要求公司支付，并且公司还可能面临劳动行政部门的处罚。
建议：
- 与公司协商：要是你觉得公司扣工资不合理，可以先和公司协商，要求公司说明扣工资的依据和计算方式，看看能不能解决问题。
- 收集证据：如果协商不成，你要收集好相关的证据，比如劳动合同、工资条、绩效考核制度、沟通记录等，这些证据在后续维权的时候会很有用。
- 申请劳动仲裁：要是公司坚持不合理扣工资，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
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