结论前置：面对公司发出的严重违纪及拒不配合通知书，并要求限期半天内回复的情况，你应当冷静处理，根据实际情况选择合适的回复方式。以下是一些具体的建议和分析：
一、核实通知书的真实性及内容
确认通知书来源：首先，要确认这份通知书是否确实来自公司，并且是由有权部门或人员发出的。可以通过与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通确认。
仔细阅读通知书内容：详细阅读通知书中的指控内容，包括违纪的具体事实、证据以及公司要求你配合的具体事项。这有助于你了解公司的立场和要求，为后续的回复做好准备。
二、根据实际情况选择回复方式
如果认为指控不实：
如果认为指控部分属实或存在争议：
如果完全认可指控并愿意接受处理：
三、注意事项
保持冷静和理性：在回复过程中，要保持冷静和理性，避免情绪化的言辞或行为。这有助于你更好地表达自己的观点和立场，并维护自己的合法权益。
遵守公司规定和程序：在回复过程中，要遵守公司的相关规定和程序，如回复期限、回复方式等。这有助于你避免因违反规定而引发不必要的麻烦或损失。
保留相关证据：在回复过程中，要保留好与通知书相关的所有证据和文件，以备后续需要。这些证据可能包括通知书本身、你的回复文件、相关聊天记录或邮件等。
四、法律后果及建议
最后，面对公司发出的严重违纪及拒不配合通知书，你应当根据实际情况选择合适的回复方式，并保持冷静和理性。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。