关于底薪2688元按9个小时工作制是否合法的问题，需要分情况讨论：

1. 若该底薪对应的是标准工时制下的月工资，且9小时工作制包含合理的休息时间：

   • 根据《劳动法》及相关规定，标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时。若9小时工作制中包含了合理的休息时间（如午休等），且实际工作时间未超过法定标准，同时底薪2688元不低于当地最低工资标准，那么这种工作制在工资支付方面可能是合法的。但需注意，即使包含休息时间，若总工作时间（扣除休息后）超过法定标准，则仍可能构成违法。
   • 计算公式示例（假设当地最低工资标准为2000元/月）：若底薪2688元≥2000元，且实际工作时间未超标，则合法。

2. 若该底薪对应的是综合计算工时制或不定时工时制：

   • 在综合计算工时制或不定时工时制下，工作时间和工资支付方式可能与标准工时制不同。若企业已依法申请并获得了实行这些特殊工时制的批准，且底薪2688元的支付方式符合相关规定（如按照综合计算周期内的平均工作时间支付工资），那么这种工作制在工资支付方面可能是合法的。
   • 关键点：需确认企业是否已依法申请并获得特殊工时制的批准，以及工资支付方式是否符合规定。

3. 若9小时工作制导致实际工作时间超过法定标准，且未支付加班费：

   • 无论底薪多少，若劳动者实际工作时间超过了法定标准（如每日超过8小时或每周超过44小时），且企业未按照法律规定支付加班费，那么这种工作制在工资支付方面就是违法的。
   • 加班费计算公式：根据《劳动法》第四十四条，工作日加班费=月工资÷21.75÷8×加班小时数×1.5；休息日加班费=月工资÷21.75÷8×加班小时数×2（若未安排补休）；法定节假日加班费=月工资÷21.75÷8×加班小时数×3。

法律建议：

• 首先，确认你的工作制类型（标准工时制、综合计算工时制或不定时工时制）以及企业是否已依法申请并获得相关批准。
• 其次，计算你的实际工作时间，并与法定标准进行比较。
• 最后，若发现企业存在违法行为（如超时工作未支付加班费、底薪低于最低工资标准等），可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若企业违法行为被查实，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
• 劳动者有权要求企业支付拖欠的工资、加班费及经济补偿等。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。