结论：底薪4000元、五天九小时制的工作安排是否合法，需结合具体的工作时间安排、加班情况以及是否符合最低工资标准等因素来综合判断。

分析如下：

1. 关于工作时间：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。五天九小时制意味着每周工作时间为45小时，超出了法定平均每周工作时间1小时。但这1小时是否合法，需看是否属于加班，并且是否支付了加班费。
   • 如果这超出的1小时被视为加班，并且用人单位按照法律规定支付了加班费（通常是正常工资的150%），那么这种工作安排在加班费支付方面是合法的。

2. 关于底薪与最低工资标准：

   • 底薪4000元是否合法，需与当地的最低工资标准进行比较。如果4000元高于当地的最低工资标准，那么底薪本身是合法的。
   • 最低工资标准因地区而异，且会随时间调整。因此，要判断底薪是否合法，需查阅最新的当地最低工资标准。

3. 关于加班与工资计算：

   • 如果五天九小时制中包含加班时间，那么加班工资的计算需遵循《中华人民共和国劳动法》的规定。即，工作日加班应支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日加班的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。
   • 计算公式示例（以工作日加班为例）：假设底薪4000元为月工资，日工资约为4000元/21.75天（月计薪天数），小时工资约为日工资/8小时。若某日加班1小时，则加班费至少为：小时工资×150%。

4. 综合判断：

   • 如果五天九小时制的工作安排中，超出的1小时被视为加班，并且用人单位按照法律规定支付了加班费，同时底薪不低于当地最低工资标准，那么这种工作安排是合法的。
   • 如果用人单位未支付加班费，或者底薪低于当地最低工资标准，那么这种工作安排就是违法的。

建议：

• 如果你对当前的工作安排有疑问，建议首先查阅当地的最低工资标准，并计算自己的加班费是否得到合法支付。
• 如果发现用人单位存在违法行为，如未支付加班费或底薪低于最低工资标准，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助来维护自己的合法权益。

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