在存在仲裁协议的情况下，债权人仍然有权向人民法院申请支付令，但前提是必须满足支付令的申请条件，并且该申请不违反仲裁协议的排他性。以下是对这一问题的详细分析：

一、支付令的申请条件

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人请求债务人给付金钱、有价证券，若符合以下条件，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：

1. 债权债务关系明确、合法：双方对于债权债务关系没有争议，如劳动者与用人单位之间对于工资标准、工作时长、加班事实等没有分歧。
2. 请求给付的范围特定：如拖欠的工资、经济补偿金、工伤医疗费等金钱或有价证券。
3. 没有其他债务纠纷：劳动者与用人单位之间没有其他债务纠纷，即支付令所涉及的债权是唯一的或优先的。
4. 支付令能够送达债务人：确保支付令能够有效送达用人单位，以便其知晓并履行义务。

二、仲裁协议与支付令的兼容性

1. 仲裁与诉讼的独立性：仲裁与诉讼是两种独立的争议解决方式。仲裁协议主要排除的是法院对争议事项的审理权，但并不直接排除债权人申请支付令的权利。因为支付令程序是一种督促债务人履行债务的简易程序，其目的并非解决争议，而是快速实现债权。
2. 支付令程序的性质：支付令程序并不涉及对争议事项的实质审理，而是基于债权债务关系明确、合法的前提下，由法院发出的督促履行的命令。因此，在不影响仲裁协议效力的前提下，债权人可以申请支付令以加速债权的实现。

三、实践操作与注意事项

1. 审查自身情况：债权人在申请支付令前，应仔细审查自身情况是否符合支付令的申请条件，并确保支付令能够有效送达债务人。
2. 注意仲裁协议的具体内容：债权人需仔细审查仲裁协议的具体内容，以确保申请支付令不会违反仲裁协议的排他性。如果仲裁协议中明确排除了法院对特定争议的管辖权，且该争议与支付令申请相关，则债权人可能需要先通过仲裁解决争议，再考虑申请支付令。
3. 准备充分的证据材料：在申请支付令时，债权人需要准备充分的证据材料来证明债权债务关系的存在和合法性，如劳动合同、工资条、欠薪欠条等。
4. 关注债务人的反应：债务人收到支付令后，可以在规定时间内提出书面异议。如果异议成立，支付令将失效，债权人需要通过劳动仲裁或诉讼程序解决纠纷。因此，债权人需要关注债务人的反应，并做好相应的准备。

四、综合建议

在存在仲裁协议的情况下，如果债权人认为符合支付令的申请条件，并且该申请不违反仲裁协议的排他性，那么可以考虑直接向人民法院申请支付令以加速债权的实现。然而，如果争议较为复杂或涉及多个方面，或者仲裁协议中明确排除了法院对特定争议的管辖权，那么建议债权人先通过劳动仲裁解决争议。

在整个过程中，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。