有仲裁条款时，一般情况下不能直接申请支付令，但存在例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：有仲裁条款不能直接申请支付令
支付令是人民法院根据债权人的申请，向债务人发出的限期履行给付金钱或有价证券义务的法律文书。其适用前提是不存在能排除法院管辖的情形，如有效的仲裁协议或诉讼管辖协议等。当合同中存在有效的仲裁条款时，意味着双方当事人已经选择了仲裁作为解决争议的方式，排除了法院的管辖权。因此，在一般情况下，有仲裁条款时不能直接申请支付令。
二、例外情形：特定情况下可以申请支付令
尽管存在仲裁条款，但在某些特定情况下，仍然可以申请支付令：
另一方未在法定期间提出书面异议：
- 即便双方有仲裁协议，若一方申请支付令，而另一方未在法定期间提出书面异议，支付令也可生效。这是因为支付令程序本身具有一种“默示同意”的效力，即如果债务人在规定时间内不提出异议，就视为其同意支付令的内容。
仲裁条款无效或被撤销：
- 当仲裁条款无效或被撤销等使其失去效力时，就可以申请支付令。仲裁条款的无效可能由于多种原因，如条款内容不明确、违反法律强制性规定等。在这种情况下，由于仲裁条款已经无法发挥其排除法院管辖的作用，因此债权人可以依法向人民法院申请支付令。
三、法律建议与风险提示
谨慎申请支付令：
- 在有仲裁条款的情况下申请支付令需要谨慎。因为如果支付令被驳回或债务人提出异议，可能会导致案件进入仲裁程序，从而增加解决争议的时间和成本。
审查仲裁条款的效力：
- 在申请支付令之前，债权人应当仔细审查仲裁条款的效力。如果仲裁条款存在无效或可撤销的情形，那么申请支付令可能是一个可行的选择。但是，这需要专业的法律判断和证据支持。
考虑仲裁与诉讼的衔接：
- 如果债权人决定通过仲裁解决争议，但又在仲裁过程中发现需要申请支付令来加速债务的履行，那么可以考虑在仲裁协议中约定相关的衔接条款。例如，可以约定在特定情况下，债权人可以暂停仲裁程序并向人民法院申请支付令。
如果有关于仲裁条款或支付令的具体问题，欢迎直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。