在约定仲裁条款的情况下，债权人仍然有权向人民法院申请支付令，但前提是必须满足支付令的申请条件，并且该申请不违反仲裁协议的排他性。以下是对此问题的详细分析：
一、支付令的申请条件
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人请求债务人给付金钱、有价证券，若符合下列条件，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
- 债权人与债务人没有其他债务纠纷：这意味着双方之间的债权债务关系应当是明确且单一的，不存在其他未了结的债务纠纷。
- 支付令能够送达债务人：支付令必须能够有效地送达债务人，以确保债务人能够知悉并履行支付义务。
二、仲裁条款与支付令的关系
- 仲裁与诉讼的独立性：仲裁与诉讼是两种独立的争议解决方式。一旦双方约定了仲裁条款，通常意味着排除了法院对该纠纷的管辖权。但这并不直接排除债权人申请支付令的权利，因为支付令程序并非对争议事项的实质审理，而是基于债权债务关系明确、合法的前提下，由法院发出的督促履行的命令。
- 仲裁协议的排他性：虽然仲裁协议具有排他性，但它主要排除的是法院对争议事项的审理权。支付令程序并不涉及对争议事项的实质审理，而是快速实现债权的一种手段。因此，在不影响仲裁协议效力的前提下，债权人可以申请支付令以加速债权的实现。
三、申请支付令的实践操作
- 审查自身情况：债权人在申请支付令前，应仔细审查自身情况是否符合支付令的申请条件，包括债权债务关系的明确性、支付令的可送达性等。
- 准备申请材料：债权人需要准备申请书，明确请求给付的金额或证券数量及所依据的事实和证据。
- 提交申请并等待审查：债权人应向有管辖权的基层人民法院提交申请，并等待法院的审查。若法院审查认为符合条件，会发出支付令。
四、法律后果与风险提示
- 债务人的履行或异议：债务人应当自收到支付令之日起十五日内清偿债务，或者向人民法院提出书面异议。若债务人在规定期间内不提出异议又不履行支付令，债权人可以向人民法院申请执行。
- 不违反仲裁协议：债权人在申请支付令时，应确保该申请不违反仲裁协议的排他性。若存在任何疑问或不确定之处，建议咨询专业律师以获取准确法律意见，避免因违反仲裁协议而引发不必要的法律纠纷。
结论：在约定仲裁条款的情况下，债权人仍然有权向人民法院申请支付令，但必须满足支付令的申请条件，并且该申请不违反仲裁协议的排他性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。