员工因重大疾病被辞退时，其赔偿权益主要取决于是否处于医疗期内以及辞退的具体原因，以下是详细分析：
医疗期内被辞退
- 情况说明：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在患病或者非因工负伤，且在规定的医疗期内时，用人单位不得解除劳动合同。若用人单位在此期间违法辞退员工，则构成违法解除劳动合同。
- 赔偿标准：用人单位需按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。经济补偿的计算方式是按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 计算公式：$\(经济赔偿金 = 工作年限 \times 月工资 \times 2\)$
医疗期满后被辞退
- 情况说明：医疗期满后，如果员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以依法解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资。
- 赔偿与补助：
- 经济补偿金：支付标准与医疗期内被辞退相同，即按员工在本单位工作年限计算经济补偿。
- 医疗补助费：若解除劳动合同时员工仍然患病，用人单位还需支付不低于六个月工资的医疗补助费。对于患重病和绝症的员工，医疗补助费应适当增加，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。
特殊情况下的赔偿
- 如果员工因重大疾病导致完全丧失劳动能力，且符合相关条件，还可以享受工伤保险待遇，包括一次性伤残补助金、伤残津贴等。但这一部分主要适用于因工负伤或患职业病的情形，对于非因工负伤的重大疾病，可能不直接适用工伤保险待遇，但可以根据具体情况争取其他形式的补偿或救助。
面对因重大疾病被辞退的情况，员工可以采取以下措施保护自己的合法权益：
- 收集证据：及时收集并保留好劳动合同、工资条、工作证、诊断证明、病假条、辞退通知等相关证据。
- 协商解决：尝试与用人单位协商解决，要求支付应有的赔偿金或经济补偿金。
- 法律途径：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。在申请劳动仲裁时，需提交申请书及相关证据材料。
- 诉讼与执行：对仲裁结果不服的，还可以向法院提起诉讼。胜诉后，若用人单位未履行支付义务，员工可申请强制执行。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条：劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的，用人单位不得解除劳动合同。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条、第八十七条：规定了经济补偿的计算方式和违法解除劳动合同的赔偿标准。
员工在面对因重大疾病被辞退的情况时，应充分了解自己的赔偿权益，并根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。