结论：关于两人合伙开店三个月后一人退出，时隔多年后投资的钱是否要全额退还的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据合伙协议的具体内容、合伙期间的财务状况、退伙时的约定以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合伙协议的内容：

   • 如果合伙协议中明确规定了退伙时投资款的退还方式、比例或条件，那么应当首先遵循合伙协议的约定。例如，协议可能规定退伙时按照出资比例退还部分或全部投资款，或者规定在特定条件下（如合伙企业盈利或亏损达到一定程度）才退还投资款。
   • 如果合伙协议中没有明确规定退伙时投资款的退还问题，那么就需要依据相关法律法规和合伙期间的实际情况来协商解决。

2. 合伙期间的财务状况：

   • 如果合伙企业在退伙人退出时处于盈利状态，且退伙人的退出没有给合伙企业造成重大损失，那么退伙人有可能要求全额或部分退还投资款。但具体退还金额还需要考虑合伙企业的盈利状况、其他合伙人的意见以及退伙时合伙企业的资产状况等因素。
   • 如果合伙企业在退伙人退出时处于亏损状态，或者退伙人的退出给合伙企业造成了重大损失，那么退伙人可能无法要求全额退还投资款，甚至可能需要承担部分亏损。

3. 退伙时的约定：

   • 如果退伙时，退伙人与其他合伙人就投资款的退还问题达成了书面或口头协议，那么应当遵循该协议的约定。例如，双方可能约定在一定期限内退还部分或全部投资款，或者约定以其他方式（如转让合伙份额、提供劳务等）来抵偿投资款。
   • 如果没有达成明确约定，那么就需要依据相关法律法规和合伙期间的实际情况来协商解决。

4. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国合伙企业法》的相关规定，合伙人在退伙时，合伙企业应当按照退伙时的合伙企业财产状况进行结算，退还退伙人的财产份额。退伙时有未了结的合伙企业事务的，待该事务了结后进行结算。但具体退还金额和方式还需要根据合伙协议和实际情况来确定。
   • 如果合伙协议没有约定或者约定不明确，且合伙人之间无法协商一致的，可以由人民法院根据合伙企业的实际情况和退伙人的贡献等因素来判决退还金额和方式。

建议：

• 首先查阅合伙协议，了解其中关于退伙时投资款退还的具体规定。
• 如果合伙协议中没有明确规定，或者规定不明确，建议与其他合伙人进行协商，尽量达成书面协议以明确退还金额和方式。
• 如果协商不成，可以考虑寻求法律途径解决，如向人民法院提起诉讼或申请仲裁等。在诉讼或仲裁过程中，需要提供相关证据来证明自己的主张，如合伙协议、财务状况证明、退伙时的约定等。

可能后果：

• 如果能够达成书面协议并按照协议履行，那么可以避免不必要的法律纠纷和损失。
• 如果无法达成协议并需要通过法律途径解决，那么可能需要承担一定的诉讼或仲裁费用，并且最终结果可能并不完全符合自己的期望。因此，在处理此类问题时，建议尽量保持冷静和理性，通过协商和妥协来寻求最佳解决方案。