结论：针对合同约定的管辖法院条款确定无效的情况，一般应直接向有管辖权的法院提起诉讼，而非向中级人民法院申请确定无效。

详细分析：

1. 管辖法院条款无效的法律后果：

   • 当合同中的管辖法院条款被认定为无效时，这并不意味着整个合同无效，只是该条款不具有法律效力。此时，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，被告住所地或者合同履行地人民法院通常具有管辖权。因此，当事人应直接向这些有管辖权的法院提起诉讼。

2. 为何不向中级人民法院申请确定无效：

   • 确定合同条款的效力，特别是管辖法院条款的效力，通常不是通过向中级人民法院申请来实现的。中级人民法院主要处理的是一审案件中的重大、复杂案件，或者作为二审法院处理上诉案件。对于合同条款效力的认定，一般是在诉讼过程中，由受理案件的法院根据相关法律法规和事实情况进行判断。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：在提起诉讼前，当事人应收集相关证据，证明合同中的管辖法院条款存在无效的情形，如违反法律强制性规定、欺诈、胁迫等。
   • 确定管辖法院：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，确定有管辖权的法院。这通常涉及被告住所地或合同履行地的判断。
   • 提起诉讼：向有管辖权的法院提交起诉状和相关证据，启动诉讼程序。在诉讼过程中，法院将依法对合同条款的效力进行审查，并作出判决。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果合同中的管辖法院条款涉及级别管辖或专属管辖的特殊规定，且这些规定与法律法规相冲突，导致条款无效，那么当事人仍应按照法律法规规定的管辖原则来确定管辖法院。
   • 在某些复杂或重大的合同纠纷中，如果当事人对管辖法院有争议，且该争议可能影响案件的公正审理，当事人可以向受诉法院提出管辖权异议，由法院依法作出裁定。

总结与建议：

当合同中的管辖法院条款被认定为无效时，当事人应直接向有管辖权的法院提起诉讼，而不是向中级人民法院申请确定无效。在诉讼过程中，法院将依法对合同条款的效力进行审查，并作出公正判决。如果您在处理此类合同纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。