结论：用人单位已经支付调解款后，劳动仲裁机构是可以出具调解书的，但需满足一定条件。

详细分析：

1. 调解书的出具条件：

   • 在劳动仲裁过程中，双方当事人经过调解达成协议的，仲裁庭会根据调解协议的内容制作调解书。调解书应当写明仲裁请求和当事人协议的结果，并由仲裁员签名，加盖劳动争议仲裁委员会印章，对双方当事人具有约束力。
   • 调解书在送达双方当事人后，即发生法律效力。这意味着，一旦调解书被双方签收，用人单位和劳动者都应当履行调解书中规定的义务。

2. 支付调解款与出具调解书的关系：

   • 用人单位支付调解款是履行调解书义务的一部分。如果双方已经达成调解协议，并且用人单位已经按照协议支付了调解款，这通常意味着调解协议已经得到了履行或正在履行中。
   • 在这种情况下，劳动仲裁机构仍然可以出具调解书，以确认双方达成的调解协议和用人单位的支付行为。调解书的出具不仅是对双方调解结果的正式确认，也是对双方权利义务的明确界定。

3. 出具调解书的法律意义：

   • 调解书具有法律效力，一旦签收，双方都必须履行。如果一方不履行调解书规定的义务，另一方可以向人民法院申请强制执行。
   • 调解书的出具也标志着劳动仲裁程序的结束。在调解书送达后，双方不得再就同一争议事项向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院起诉。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果用人单位在支付调解款后反悔，或者双方对调解协议的内容存在争议，那么劳动仲裁机构可能不会出具调解书，或者会撤销已经出具的调解书。在这种情况下，双方可能需要通过其他法律途径来解决争议。

建议：

• 如果双方已经达成调解协议，并且用人单位已经支付了调解款，建议及时向劳动仲裁机构申请出具调解书，以确认调解结果并保障双方权益。
• 在支付调解款前，建议双方明确调解协议的内容，并确保协议内容合法、合理、可行。
• 如果在支付调解款后出现任何争议或问题，建议及时咨询专业律师或劳动仲裁机构，以寻求合法、有效的解决方案。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。