结论：员工离职申请通过之后反悔，公司不同意是否违法，需根据具体情况来判断，一般来说，若员工处于试用期或已过法定或约定的离职通知期，且公司无过错，公司不同意员工反悔通常不违法；若公司存在过错或未遵循法定程序，则可能违法。以下从不同角度详细分析：
一、员工离职申请的法律性质
员工离职申请，在法律上通常被视为员工向公司发出的解除劳动合同的意思表示。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工有权提前通知公司解除劳动合同，这是员工的法定权利。然而，这一权利的行使并非无限制的，它受到法定通知期限、公司规章制度以及双方劳动合同约定的约束。
二、员工反悔的法律效力
试用期内的员工：
- 根据《劳动合同法》第三十七条，员工在试用期内提前三日通知公司，可以解除劳动合同。若员工在试用期内提出离职申请后反悔，且公司尚未同意其离职，员工有权撤销离职申请，因为此时劳动合同尚未正式解除。但若公司已同意其离职，并办理了相关手续，员工再反悔则可能无法恢复劳动关系，除非公司同意。不过，公司不同意员工反悔，在此情况下通常不构成违法，因为员工已行使了其法定权利，且公司已基于员工的离职申请做出了相应安排。
非试用期员工：
- 对于非试用期员工，根据《劳动合同法》第三十七条，员工需提前三十日以书面形式通知公司，可以解除劳动合同。若员工在提出离职申请后反悔，且仍在法定通知期限内，员工有权撤销离职申请，因为此时劳动合同尚未正式解除。但若已超过法定通知期限，或公司已基于员工的离职申请做出了相应安排（如招聘了替代人员、调整了工作计划等），员工再反悔则可能面临公司不同意的情况。在此情况下，公司不同意员工反悔，若公司无过错且已遵循法定程序，通常也不构成违法。
公司存在过错或未遵循法定程序：
- 若公司在处理员工离职申请过程中存在过错（如未按时支付工资、未提供劳动保护等），或未遵循法定程序（如未要求员工提前通知、未办理离职手续等），员工有权要求公司纠正错误或承担相应责任。在此情况下，若员工反悔并要求继续履行劳动合同，公司不同意则可能构成违法，因为公司未履行其法定义务或违反了法定程序。
三、实际操作建议
对于员工：
- 在提出离职申请前，应充分考虑个人职业规划和公司实际情况，避免冲动离职。
- 若已提出离职申请但反悔，应及时与公司沟通，说明情况并尝试撤销离职申请。
- 若公司不同意撤销离职申请，且员工认为公司存在过错或未遵循法定程序，可寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
对于公司：
- 在收到员工离职申请后，应及时与员工沟通，了解离职原因并尝试挽留。
- 若员工坚持离职，公司应按照法定程序办理离职手续，并确保无过错或未违反法定程序。
- 若员工反悔并要求继续履行劳动合同，公司应评估实际情况并做出合理决定。若公司无过错且已遵循法定程序，可拒绝员工反悔请求；若公司存在过错或未遵循法定程序，则应考虑纠正错误或承担相应责任。
最后，劳动关系中的离职问题涉及双方权益，建议员工和公司在处理此类问题时保持沟通、理性对待，并遵循相关法律法规和公司规章制度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。