针对员工申请离职后反悔的情况，公司处理时需依据相关法律法规及具体情境来细致分析。以下是一些清晰、详细且有深度的处理建议：
一、理解离职申请的法律性质
首先，要明确员工提交的离职申请在法律上的性质。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这种解除权属于劳动者的形成权，即解除的意思一经到达对方（用人单位）即发生法律效力，无需用人单位作出是否同意的意思表示。
二、分析员工反悔的时机与方式
反悔时机：
- 如果员工在提交离职申请后的三十日期限内反悔，并明确向公司表达了撤销离职申请的意思表示，且该意思表示在离职期限到达前到达公司，那么从法律原则上讲，员工有权撤销其离职申请。
- 如果员工在离职期限已经到达或超过后反悔，此时劳动合同已经解除，员工再要求撤销离职申请将缺乏法律依据。
反悔方式：
- 员工应通过书面形式（如邮件、信件等）明确向公司表达撤销离职申请的意思表示，以确保有证据可查。
- 口头反悔可能因缺乏证据而难以被公司或法律认可。
三、公司处理策略
核实反悔的真实性与合法性：
- 公司应核实员工反悔的真实性，包括反悔的原因、时机和方式等。
- 同时，要评估员工反悔是否符合法律原则，即是否在离职期限到达前明确表达了撤销离职申请的意思表示。
与员工进行沟通：
- 在核实反悔情况后，公司应与员工进行沟通，了解其真实意图和需求。
- 如果员工确实希望继续留在公司工作，且其反悔符合法律原则，公司可以考虑撤销离职流程，恢复员工的劳动关系。
遵循法律程序与规定：
- 如果员工反悔不符合法律原则或公司政策，公司应明确告知员工其离职申请已经生效，劳动合同已经解除。
- 在此情况下，公司应按照法律法规和公司政策的规定，办理离职手续，包括结算工资、办理社保转移等。
预防类似情况的发生：
- 公司可以在离职流程中增加确认环节，如要求员工在提交离职申请后再次确认其离职意愿，以减少反悔的可能性。
- 同时，公司可以加强员工离职前的沟通与辅导，帮助员工更好地理解离职的后果和影响，从而做出更明智的决策。
四、案例参考
以您提供的案例为例，曾某某在提交离职申请后反悔，但因其反悔的意思表示未在离职期限到达前到达公司，且公司已经完成了离职流程的审批，因此法院最终判决曾某某的离职申请有效，公司无需恢复其劳动关系。这充分说明了离职申请的法律效力和反悔时机的关键性。
综上所述，公司在处理员工申请离职后反悔的情况时，应依据相关法律法规和具体情境来细致分析，确保处理过程的合法性和合理性。