员工离职单位不同意，在一般情况下是不合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、员工离职的法定权利
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有离职的法定权利。具体来说：
预告离职：员工在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同；在试用期满后，员工提前三十日以书面形式通知用人单位，同样可以解除劳动合同。这是员工离职的一种常见且合法的方式，单位无权阻止。
即时离职：在特定情况下，如用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等，员工可以立即解除劳动合同，无需提前通知单位。
二、单位不同意离职的合法性分析
一般情况下的不合法性：在员工按照法定程序提出离职申请后，单位无正当理由不同意离职的，这种行为是不合法的。单位应当尊重员工的离职权利，并按照法律规定办理离职手续。
特殊情况下的合法性考量：虽然单位在一般情况下无权阻止员工离职，但在某些特殊情况下，如员工掌握单位重要商业秘密或核心技术，且离职可能对单位造成重大损失时，单位可能会通过协商或法律途径要求员工在离职后承担一定的保密义务或竞业限制。然而，这并不意味着单位可以阻止员工离职本身，而是可以在离职后对员工的行为进行一定的限制。
三、单位不同意离职的法律后果
如果单位在员工按照法定程序提出离职申请后，仍然不同意离职并阻止员工办理离职手续，员工可以采取以下措施：
向劳动监察部门投诉：员工可以向当地劳动监察部门投诉单位的违法行为，要求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：员工也可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求单位确认离职事实并办理离职手续。如果仲裁裁决支持员工的请求，单位必须履行裁决结果。
提起诉讼：在劳动仲裁裁决后，如果单位仍然不履行裁决结果，员工可以向人民法院提起诉讼，要求单位承担相应的法律责任。
四、建议与注意事项
员工方面：在提出离职申请时，员工应当确保按照法定程序进行，并保留好相关证据（如书面离职申请、邮件通知等）。如果单位不同意离职，员工应当及时与单位沟通协商，并寻求法律途径解决争议。
单位方面：单位应当尊重员工的离职权利，并按照法律规定办理离职手续。如果单位认为员工离职可能对单位造成重大损失，可以通过协商或法律途径要求员工承担相应的保密义务或竞业限制，但不得阻止员工离职本身。
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