针对您提出的“市场主体饭店登记违反市场准入负面清单的规定由哪个部门处理”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确市场准入负面清单是由国家发展改革委和商务部联合制定并发布的，它详细列出了中华人民共和国境内禁止或经许可方可投资经营的行业、领域、业务等。这份清单的目的是为了规范市场准入，确保各类市场主体在平等、透明、可预期的环境中开展经营活动。
当市场主体（如饭店）在登记过程中违反市场准入负面清单的规定时，处理这一问题的部门主要取决于违规行为的具体性质和内容。一般来说，这类违规行为可能涉及到多个方面的监管，包括但不限于市场监管、商务、行业主管等部门。
市场监管部门：作为市场秩序的主要维护者，市场监管部门通常负责处理市场主体在登记、经营过程中违反市场准入、竞争规则等违法行为。如果饭店的登记行为违反了市场准入负面清单中的禁止或限制性规定，市场监管部门有权进行调查、处罚，并要求其整改。
商务部门：商务部门在市场准入负面清单的制定和实施过程中扮演着重要角色。如果违规行为涉及到清单中的特定行业或领域，且商务部门是该行业或领域的主管部门，那么商务部门也可能参与处理。
行业主管部门：对于某些特定行业或领域，如餐饮业，可能存在专门的行业主管部门。如果饭店的登记行为违反了该行业或领域的特定准入规定，行业主管部门也有权进行监管和处理。
在实际操作中，当发现市场主体违反市场准入负面清单的规定时，通常会由最先发现或接到举报的部门进行初步调查，并根据违规行为的性质和内容，协调或转交至相关部门进行进一步处理。因此，具体由哪个部门处理可能因地区、行业、违规行为的具体情况而有所不同。
为了确保问题得到妥善处理，我建议您在发现饭店登记违反市场准入负面清单的规定时，及时向当地的市场监管部门或相关行业主管部门进行举报或咨询。他们将能够根据您的具体情况，提供更具体、更准确的指导和帮助。