当市场主体同时违反《市场主体登记管理条例》和《食品安全法》时，其处罚并非简单相加，而是根据具体违法行为的性质、情节及造成的后果，由相关行政机关依据各自职责分别进行处罚，且可能涉及多个处罚种类的合并执行。以下是对此问题的详细分析：

一、违反《市场主体登记管理条例》的处罚

根据《市场主体登记管理条例》的相关规定，市场主体若未依法办理登记或进行虚假登记，将面临一系列处罚措施，包括但不限于：

1. 责令改正与罚款：对于未依法办理登记的市场主体，登记机关可能责令其改正，并处以一定数额的罚款。罚款的具体数额根据违法行为的情节严重程度而定，可能从数千元至数万元不等。
2. 撤销登记：若市场主体进行虚假登记，登记机关有权撤销其登记，并可能对其处以罚款。撤销登记意味着该市场主体将失去合法经营资格，对其经营活动产生重大影响。
3. 其他处罚：根据违法行为的性质和情节，登记机关还可能采取其他处罚措施，如没收违法所得、责令停业整顿等。

二、违反《食品安全法》的处罚

违反《食品安全法》的行为同样会受到严厉的处罚，具体处罚措施包括但不限于：

1. 警告与罚款：对于轻微的违法行为，如未按规定建立食品安全管理制度、未按规定查验供货者许可证等，监管部门可能首先给予警告，并责令限期改正。若逾期不改正或违法行为情节严重，将面临罚款处罚。罚款数额根据违法行为的性质、情节及造成的后果而定，可能从数千元至数十万元不等。
2. 没收违法所得与违法生产经营的食品：对于违法生产经营的食品、食品添加剂以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品，监管部门有权予以没收。
3. 责令停产停业、吊销许可证：对于严重违反《食品安全法》的行为，如生产经营致病性微生物、农药残留等污染物质以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品，监管部门可能责令其停产停业，甚至吊销许可证。
4. 刑事责任：若违法行为构成犯罪，如生产、销售不符合安全标准的食品罪等，将依法追究刑事责任。

三、同时违反两部法规的处罚原则

当市场主体同时违反《市场主体登记管理条例》和《食品安全法》时，其处罚将遵循以下原则：

1. 分别处罚：由于两部法规的立法目的和调整对象不同，因此市场主体将因违反不同法规而分别受到处罚。即，登记机关和食品安全监管部门将根据各自职责分别对市场主体进行处罚。
2. 合并执行：若市场主体因同一违法行为同时触犯两部法规，且处罚种类相同的（如均涉及罚款），则可能面临罚款数额的合并执行。但需注意，合并执行并非简单相加，而是根据违法行为的性质、情节及造成的后果进行综合考量后确定。
3. 从重处罚：若市场主体的违法行为情节严重、造成严重后果或存在多次违法等情形，监管部门可能依法从重处罚。

建议：市场主体应严格遵守相关法律法规，确保合法经营和食品安全。若因违法行为面临处罚，应积极配合监管部门的调查和处理工作，并主动采取措施纠正违法行为、消除不良影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。