违反《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》第48条，具体处理方式会根据违规行为的性质有所不同。以下是针对该条款不同违规情形的详细解答：
违规情形及处理方式
未将营业执照置于住所或主要经营场所醒目位置
- 首次违规：登记机关会首先责令市场主体改正，即要求将营业执照放置在规定位置。
- 拒不改正：如果市场主体在接到责令后仍未改正，那么将会面临处3万元以下的罚款。
伪造、涂改、出租、出借、转让营业执照
- 违规处理：登记机关将没收违法所得，并处以10万元以下的罚款。
- 情节严重：如果情节严重，罚款金额将提升至10万元以上50万元以下，并且会吊销营业执照。
处理流程
通常，处理这类违规行为的流程如下：
- 发现或接到举报：登记机关发现或接到关于市场主体违规的举报。
- 立案与调查：对举报进行审查，决定是否立案，并组织调查取证。
- 审查与决定：对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等进行全面审查，并提出处理意见。
- 告知与听证：在作出行政处罚决定之前，会告知当事人处罚的事实、理由和依据，以及其依法享有的陈述、申辩等权利。如果符合听证规定，还会组织听证。
- 执行处罚：制作并送达行政处罚决定书，责令当事人改正或限期改正违法行为。如果当事人逾期不履行行政处罚决定，将依法采取措施或申请人民法院强制执行。
注意事项
- 及时改正：为避免罚款或更严重的处罚，市场主体在接到责令改正通知后，应立即按照要求进行改正。
- 合法合规经营：市场主体应严格遵守相关法律法规，确保营业执照的合法使用和管理，以避免不必要的法律风险。
综上所述，违反《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》第48条的处理方式主要根据违规行为的性质和情节严重程度来决定。市场主体应高度重视营业执照的管理和使用，确保合规经营。