企业通过虚假员工发工资来避税是违法的行为，必须立即停止并主动纠正，否则将面临严重的法律后果。以下从多个角度为你详细分析：
税务机关的处理
补缴税款与加收滞纳金：
- 企业需按照税务机关的要求，补缴因虚假员工发工资而少缴的税款。
- 从滞纳税款之日起，每日需加收滞纳税款万分之五的滞纳金，作为对国家税收损失的经济补偿。
罚款：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》，企业可能面临不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。这一罚款力度相当大，旨在严厉打击偷税漏税行为。
纳税信用评级受影响：
- 虚假员工发工资将导致企业纳税信用评级下降，进而影响企业在发票领用、出口退税、信贷融资等方面的权益。纳税信用是企业的重要资产，一旦受损，将对企业经营产生长远影响。
劳动监察部门的处理
责令改正与行政处罚：
- 劳动监察部门有权要求企业限期改正伪造工资支付记录等行为。若企业逾期不改，将面临罚款等行政处罚。
赔偿劳动者损失：
- 若虚假员工发工资行为影响了劳动者的权益，如社保缴纳基数、经济补偿金计算等，企业需依法赔偿劳动者因此遭受的损失。这体现了法律对劳动者权益的保护。
司法机关的处理（情节严重时）
- 涉嫌逃税罪：
- 若虚假员工发工资避税行为达到严重程度，可能构成逃税罪。依据《中华人民共和国刑法》，企业将受到刑事处罚，包括有期徒刑、拘役及罚金。
- 值得注意的是，经税务机关追缴后，若企业补缴了税款、滞纳金并接受了行政处罚，可不予追究刑事责任。但这一例外情况并不适用于五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被给予二次以上行政处罚的企业。
企业应采取的措施
立即停止违法行为：
- 一旦发现虚假员工发工资避税行为，企业应立即停止，并主动向税务机关报告情况，配合调查处理。这是企业减轻法律责任、避免更严重后果的关键步骤。
加强内部财务管理和合规意识：
- 企业应建立健全内部控制制度，确保财务记录和报表的真实性和准确性。同时，提升员工的合规意识，预防类似问题再次发生。
积极配合处理：
- 在税务机关调查过程中，企业应提供相关财务凭证、账簿、报表等资料供核实。并按税务机关要求补缴税款、滞纳金，接受行政处罚。
树立诚信经营形象：
- 企业应坚持诚信经营、合法纳税的原则，树立良好的企业形象和社会责任感。这有助于企业在市场中赢得信任和支持，为企业的长远发展奠定基础。
总结与建议：虚假员工发工资避税是严重的违法行为，不仅会对国家税收造成损失，也会对企业自身的声誉、信用以及长远发展产生极其负面的影响。因此，我建议你或你所在的企业务必严格遵守税收法律法规，确保财务活动的合法性和合规性。若你或你所在的企业存在相关疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和支持。