包工头在工程公司拖欠工程款且工程正在施工的情况下，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
收集并保存证据：
- 合同文件：确保保存好与工程公司签订的施工合同或相关协议，这是证明双方权利义务关系的基础。
- 施工记录：包括施工日志、进度报告、验收记录等，这些能证明你已按照合同约定进行了施工。
- 沟通记录：与工程公司就工程款支付的沟通记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，这些能证明你曾向工程公司主张过权利。
- 其他证据：如工程款支付凭证（如有部分支付）、发票、收据等，这些能证明工程款的实际支付情况。
与工程公司协商：
- 在收集到足够证据后，可以尝试与工程公司进行友好协商，明确表达你的诉求，即要求工程公司按照合同约定支付拖欠的工程款。
- 协商过程中，可以提出具体的支付计划或方案，如分期支付、延期支付但附加利息等，以促成双方达成一致。
发送律师函或催告函：
- 如果协商无果，可以考虑委托律师发送律师函或催告函给工程公司，正式要求其支付拖欠的工程款。
- 律师函或催告函具有法律效应，能够向工程公司表明你维护自身权益的决心，并可能促使其主动履行支付义务。
申请支付令：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果债权人与债务人没有其他债务纠纷，且支付令能够送达债务人，债权人可以向有管辖权的人民法院申请支付令。
- 支付令是一种督促程序，如果工程公司在收到支付令后一定期限内不提出异议也不履行支付义务，你可以向人民法院申请强制执行。
提起诉讼或仲裁：
- 如果上述措施均无法解决问题，你可以考虑向人民法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，你需要提交之前收集的证据来证明工程公司拖欠工程款的事实，并请求法院或仲裁机构判决或裁决工程公司支付拖欠的工程款及可能产生的利息、违约金等。
考虑工程停工或解除合同：
- 在极端情况下，如果工程公司长期拖欠工程款且没有支付意愿，你可以考虑暂停施工或解除与工程公司的合同。
- 但这一步骤需要谨慎考虑，因为停工或解除合同可能会给你带来额外的损失和风险。在做出决定前，建议咨询专业律师的意见。
在采取上述措施时，需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：在处理工程款纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击，以免激化矛盾或给自己带来不必要的麻烦。
- 及时咨询专业律师：虽然你可以自行采取一些措施来维护自己的权益，但专业律师的建议和指导仍然是非常重要的。律师能够根据你的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
- 关注诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，在采取法律措施时，需要注意诉讼时效的问题，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
最后，建议你在处理工程款纠纷时保持耐心和信心。虽然这个过程可能会比较漫长和复杂，但只要你采取了正确的措施并坚持下去，最终是有可能维护自己的合法权益的。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。