行政机关收到违法线索后超过二年立案的，可能面临程序违法、证据失效等法律后果，具体分析如下：
程序违法风险：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。” 虽然该条款主要规定的是行政处罚的时效问题，但从中可以推断，行政机关在发现违法行为后，应在合理期限内进行立案调查，以避免程序上的违法。若行政机关超过二年才立案，可能被视为未及时履行职责，构成程序违法。
- 程序违法可能导致行政机关的立案决定被撤销或确认无效，进而影响后续的行政处罚决定。在行政诉讼中，如果法院认定行政机关的程序违法，可能会判决撤销或变更行政处罚决定，甚至可能判决行政机关重新作出具体行政行为。
证据失效风险：
- 随着时间的推移，与违法行为相关的证据可能会因为各种原因（如自然损耗、人为破坏、记忆模糊等）而失效或难以获取。如果行政机关在超过二年后才立案，可能会面临证据不足或证据失效的问题，从而无法有效地证明违法行为的存在和违法者的责任。
- 证据失效可能导致行政机关无法对违法行为进行准确的认定和处罚，甚至可能因为证据不足而无法对违法者进行任何处罚。这不仅会损害行政机关的权威性和公信力，还可能引发社会的不满和质疑。
法律责任追究：
- 如果行政机关因为超过二年才立案而导致无法对违法行为进行有效处罚，且该违法行为给社会或他人造成了损害，那么行政机关可能会因为未及时履行职责而承担相应的法律责任。这种法律责任可能包括行政赔偿、行政处分等。
- 在某些情况下，如果行政机关的拖延立案行为被认定为故意或重大过失，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任（虽然这种情况较为罕见，但并非不可能）。
建议与措施：
- 行政机关在收到违法线索后，应尽快进行立案调查，以避免程序违法和证据失效的风险。如果确实因为特殊原因需要延迟立案，应确保有充分的理由和证据支持，并在延迟期间采取必要的措施保护相关证据。
- 对于已经超过二年才立案的案件，行政机关应谨慎处理，充分评估证据的有效性和案件的复杂性，确保能够做出准确、公正的处罚决定。如果证据不足或存在其他困难，可以考虑与相关部门或机构进行协调合作，共同推进案件的调查和处理。
总结：行政机关在收到违法线索后超过二年才立案的，可能面临程序违法、证据失效以及法律责任追究等风险。因此，行政机关应尽快进行立案调查，确保程序的合法性和证据的有效性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。