结论：公司注册资金5万且未购买社保，在仲裁时赔付情况需分情况讨论，主要涉及社保补缴及可能的赔偿，但注册资金数额一般不直接影响社保赔付金额。以下为具体分析：
社保补缴责任
- 根据《社会保险法》规定，用人单位必须为员工缴纳社会保险，这是法定义务，与注册资金多少无关。即使公司注册资金仅为5万，也必须履行这一义务。
- 若公司未缴纳，员工有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司补缴社保。仲裁机构会裁决公司按照员工实际工资水平，补缴应缴未缴的社保费用，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
可能的赔偿
- 除了补缴社保外，如果因公司未缴纳社保给员工造成了实际损失（如无法享受医保报销、失业保险金等），员工还可以要求公司赔偿这些损失。
- 赔偿金额将根据员工实际遭受的损失来确定，与注册资金数额无直接关联。例如，如果员工因未缴纳医保而自行承担了医疗费用，这部分费用就可以作为赔偿请求的一部分。
注册资金的影响
- 注册资金是公司设立时股东认缴的出资额，它反映了公司的初始资本规模，但并不直接决定公司承担法律责任的能力或范围。
- 在社保赔付问题上，注册资金数额不是仲裁机构考虑的因素。仲裁机构关注的是公司是否履行了法定义务，以及员工是否因此遭受了损失。
实际操作建议
- 员工应收集相关证据，如工资条、劳动合同、未缴纳社保的证明等，以支持自己的仲裁请求。
- 在申请仲裁前，可以尝试与公司协商解决，如果协商无果，再向劳动仲裁机构申请仲裁。
- 如果对仲裁结果不满意，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
总结：公司注册资金5万且未购买社保时，在仲裁中主要涉及社保的补缴以及可能的赔偿问题。注册资金数额本身不直接影响赔付金额，关键在于公司是否履行了法定义务以及员工是否因此遭受了损失。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。