员工认定公伤死亡的赔偿款，主要由工伤保险基金和用人单位承担，具体承担方式需根据实际情况来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、工伤保险基金承担的部分
根据《工伤保险条例》的相关规定，员工因工死亡，其近亲属可以从工伤保险基金中领取丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金。具体标准如下：
丧葬补助金：为6个月的统筹地区上年度职工月平均工资。这部分费用主要用于支付员工死亡后的丧葬事宜。
供养亲属抚恤金：按照员工本人工资的一定比例发给由因工死亡员工生前提供主要生活来源、无劳动能力的亲属。具体标准为：配偶每月40%，其他亲属每人每月30%，孤寡老人或者孤儿每人每月在上述标准的基础上增加10%。核定的各供养亲属的抚恤金之和不应高于因工死亡员工生前的工资。
一次性工亡补助金：标准为上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍。这部分费用是对员工因工死亡给予的一次性经济补偿。
二、用人单位承担的部分
在员工因工死亡的情况下，如果用人单位未依法缴纳工伤保险费，那么根据《工伤保险条例》第六十二条的规定，用人单位需要承担全部的工伤保险待遇支付责任，包括上述由工伤保险基金支付的部分。
此外，如果员工因工死亡是由于用人单位的违法行为或者过错导致的，用人单位还可能需要承担额外的赔偿责任，如精神损害抚慰金等。不过，这部分额外的赔偿责任并不是工伤保险制度下的常规赔偿项目，而是根据具体的侵权责任法等相关法律规定来确定的。
三、特殊情况下的承担方式
如果员工在工作时间和工作岗位上突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡，这种情况也被视为工伤死亡，赔偿款的承担方式与上述相同。
如果员工因工外出期间发生事故或者在抢险救灾中下落不明，后被宣告死亡的，其近亲属也可以享受相应的工伤保险待遇，赔偿款的承担方式同样适用上述规定。
四、建议与注意事项
及时申请工伤认定：员工因工死亡后，用人单位或其近亲属应及时向社会保险行政部门申请工伤认定，以便及时享受工伤保险待遇。
保留相关证据：在申请工伤认定和享受工伤保险待遇的过程中，需要保留好相关的证据材料，如医疗证明、死亡证明、劳动关系证明等。
咨询专业律师：如果对于工伤死亡的赔偿款承担方式存在疑问或者争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
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