结论：老板因31天中有5个周日休息而扣一天工资的做法，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：

1. 法律规定的工作日与休息日

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时，且用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。周日作为休息日，是劳动者的合法权益，用人单位无权因劳动者享受休息日而扣除工资。

2. 工资支付的规定

工资是劳动者因提供劳动而应得的报酬。只要劳动者在正常工作时间内提供了劳动，用人单位就应当按照约定支付工资。休息日是劳动者依法享有的权益，不提供劳动并不构成扣除工资的理由。因此，老板因周日休息而扣除工资的做法，违反了工资支付的相关规定。

3. 特殊情况下的工资支付

当然，也存在一些特殊情况，如劳动者在休息日加班后，用人单位可以安排补休或者支付加班费。但这种情况并不适用于本题所述的情形，因为本题中劳动者是在正常的休息日休息，并未加班。

4. 实际操作中的建议

• 与老板沟通：首先，建议劳动者与老板进行沟通，明确表达周日休息是劳动者的合法权益，扣除工资是不合法的。
• 收集证据：如果沟通无果，劳动者可以收集相关证据，如工资条、考勤记录等，以证明老板存在扣除工资的行为。
• 寻求法律援助：劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者寻求专业律师的法律援助，以维护自己的合法权益。

5. 可能的法律后果

如果老板坚持扣除工资，且劳动者通过法律途径维权，老板可能会面临以下法律后果：

• 补发工资：老板需要补发被扣除的工资。
• 支付赔偿金：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。虽然本题不涉及解除或终止劳动合同，但类似地，如果用人单位因违法扣除工资而给劳动者造成损失的，也可能需要支付相应的赔偿金。
• 行政处罚：劳动监察部门可以对用人单位进行行政处罚，如罚款等。

总结：老板因31天中有5个周日休息而扣一天工资的做法是不合法的。劳动者应当了解自己的合法权益，并在必要时采取法律措施来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。