公司分批次补缴住房公积金是否合法，需结合具体情况判断，关键在于是否符合“足额、及时”的法定要求。以下是具体分析：

1. 若分批次补缴是因客观困难且经法定程序，可能合法

根据《住房公积金管理条例》第二十条，单位应“按时、足额”缴存住房公积金。若公司因经营困难等客观原因无法一次性补缴，可与当地住房公积金管理中心协商，制定分期补缴计划并经管理中心批准。此时分批次补缴具有合法性，但需满足：

• 书面申请：公司需向管理中心提交书面说明，明确补缴期限、金额及原因；
  
• 职工权益保障：补缴计划不得损害职工合法权益（如补缴期间职工购房、贷款等权益不受影响）；
  
• 履行承诺：公司需按批准的计划按时完成补缴，否则可能面临行政处罚。

2. 若未经批准或故意拖延，则属违法

若公司未与管理中心协商，或未经批准擅自分批次补缴，甚至以“分批次”为借口长期拖欠，则违反《住房公积金管理条例》第三十八条，可能面临以下后果：

• 行政处罚：管理中心可责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可申请法院强制执行，并处欠缴金额1%-5%的罚款；
  
• 职工维权：职工可向管理中心投诉，要求公司补缴；若因公司欠缴导致职工损失（如无法申请公积金贷款），职工还可通过劳动仲裁或诉讼主张赔偿。

3. 实务建议

• 对职工：若发现公司欠缴公积金，可先向公司提出补缴要求；若公司拒绝，可向当地住房公积金管理中心投诉（需提供劳动合同、工资流水等证据）；
  
• 对公司：若确需分批次补缴，务必提前与管理中心沟通并取得书面批准，避免法律风险。

总结：分批次补缴本身不违法，但需以“合法程序+职工权益保障”为前提。若您遇到具体纠纷，可进一步说明情况，我会为您分析具体应对方案。