公司员工擅自收取货款自用是违法的，可能涉及职务侵占罪或挪用资金罪等刑事犯罪，同时也可能违反公司的财务管理制度，面临民事赔偿责任。以下从不同角度进行详细分析：
一、刑事法律角度
职务侵占罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。
- 如果员工擅自收取货款并自用，且数额达到刑事立案标准（一般六万元以上），就可能构成职务侵占罪，面临刑事处罚。
挪用资金罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，构成挪用资金罪。
- 如果员工擅自收取货款后，将资金用于个人使用或借贷给他人，且符合挪用资金罪的构成要件，就可能面临刑事处罚。
二、民事法律角度
违反公司财务管理制度：
- 公司通常会有明确的财务管理制度，规定货款的收取、保管和使用等流程。员工擅自收取货款自用，显然违反了公司的财务管理制度。
- 公司有权根据内部规章制度对员工进行纪律处分，如警告、罚款、解除劳动合同等。
民事赔偿责任：
- 员工擅自收取货款自用，给公司造成损失的，应当承担民事赔偿责任。
- 公司有权要求员工返还货款，并赔偿因员工行为导致的其他损失，如利息损失、诉讼费用等。
三、实际操作建议
立即采取措施：
- 公司一旦发现员工擅自收取货款自用，应立即采取措施，如暂停员工的工作、封存相关账目和资料等，以防止损失扩大。
收集证据：
- 公司应尽快收集相关证据，如货款收取记录、员工自用货款的证据、公司财务管理制度等，以证明员工的违法行为和公司的损失。
报警或起诉：
- 如果员工的行为涉嫌刑事犯罪，公司应及时向公安机关报案，由公安机关立案侦查。
- 如果员工的行为仅违反公司规章制度或构成民事侵权，公司可以考虑通过民事诉讼途径追究员工的责任。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，完善财务管理制度，明确货款的收取、保管和使用等流程，防止类似事件再次发生。
总结来说，公司员工擅自收取货款自用是违法的，可能涉及刑事犯罪和民事赔偿责任。公司应立即采取措施、收集证据、报警或起诉，并加强内部管理以防止类似事件再次发生。如果您或您的公司遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为您提供专业的法律建议。