结论：单位欠发1999至2001年近两年半的工资，现在补发时，原则上应按照当时的档案工资标准进行补发，但具体还需考虑是否存在工资调整、政策变化等特殊情况。
分析说明：
档案工资的确定：
- 档案工资通常指的是员工在单位人事档案中记录的工资标准，它反映了员工在某一时期的工资水平。
- 在欠发工资的情况下，补发工资应基于员工当时的工资标准，即档案工资，以确保补发的公平性和合理性。
工资调整与政策变化：
- 在1999至2001年期间，如果单位或国家对工资标准进行了调整，或者出台了相关政策影响工资发放，那么补发工资时可能需要考虑这些因素。
- 例如，如果单位在这期间进行了工资普调，或者国家出台了最低工资标准等政策，那么补发工资时应按照调整后的标准或政策要求进行。
实际发放的考量：
- 尽管原则上应按照档案工资补发，但实际操作中还需考虑单位的经济状况、支付能力等因素。
- 如果单位当时因经济困难等原因未能按时发放工资，且现在经济状况仍未改善，那么补发工资时可能需要与员工协商，寻求合理的解决方案。
法律后果与维权途径：
- 如果单位拒绝按照档案工资或合理标准补发工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在维权过程中，员工应提供相关证据，如工资条、劳动合同、人事档案等，以证明自己的工资标准和欠发事实。
特殊场景：
- 如果单位在欠发工资期间已经与员工就工资补发问题达成了协议，且协议内容合法有效，那么补发工资时应按照协议约定执行。
- 如果员工在欠发工资期间已经离职，且离职时未就工资补发问题与单位达成协议，那么员工仍有权要求单位按照档案工资或合理标准补发工资。
建议与行动：
- 建议你先与单位进行沟通，了解单位对于补发工资的具体态度和方案。
- 如果单位拒绝合理补发工资，你可以收集相关证据，向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 在整个过程中，如果你感到困惑或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。