非参公单位加班交通费的计算及处理方式需结合单位规章制度、劳动合同约定及地方性规定综合判断，具体分以下情况说明：

1. 若单位规章制度或劳动合同明确约定加班交通费标准
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位的规章制度（如《员工手册》《加班管理制度》）若经民主程序制定、公示且不违反法律强制性规定，可作为处理依据。例如：

   • 约定“加班超过22:00可报销打车费，上限50元/次”；
     
   • 约定“周末加班按实际公交/地铁费用报销”。
     结论：单位应按约定支付，员工需保留加班记录（如考勤表、审批单）及交通费票据作为凭证。
     

2. 若单位无明确约定，但地方性规定有要求
   部分地区（如上海、江苏）的工资支付条例或工会文件可能规定，用人单位需承担员工加班产生的合理交通费用。例如：

   • 上海市《企业工资支付办法》第九条：用人单位安排劳动者在法定工作时间以外工作的，应支付加班工资，并可协商提供交通补贴；
     
   • 江苏省《劳动保障监察条例》第二十五条：用人单位未提供加班交通条件的，可能被责令限期改正。
     结论：员工可查询当地规定，若单位未履行义务，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     

3. 若单位无约定且地方无强制规定
   此时属于“用人单位自主管理范畴”，但需遵循合理性原则：

   • 合理性判断：若加班时间过晚（如凌晨）、公共交通停运，员工被迫选择打车，单位拒绝报销可能被认定为“未提供必要劳动条件”，违反《劳动合同法》第三十八条；
     
   • 举证责任：员工需证明交通费与加班的直接关联性（如加班审批单、打车时间与下班时间吻合、票据真实性）。
     结论：建议员工与单位协商，或通过工会推动制度完善；若协商无果，可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，主张单位承担合理费用。
     

实务建议：

• 员工：保留加班记录、交通费票据，优先与单位协商；若单位拒绝，可向当地劳动监察大队投诉（12333）或申请仲裁；
  
• 单位：建议制定明确的加班交通费制度，避免纠纷；若拒绝支付，需确保理由充分（如员工未履行审批流程、费用明显不合理）。
  

如有具体案例或地方规定需进一步分析，可直接向我咨询。