当法院查明的用工主体与工伤认定中的用工主体不一致时，这确实是一个涉及法律程序和实体权利的重要问题，需要谨慎处理。核心结论是：可以通过申请行政复议或提起行政诉讼来寻求救济。以下是详细的分析和处理建议：

1. 分析不一致的原因

   • 事实认定差异：法院和工伤认定部门可能基于不同的证据或事实认定，得出了不同的用工主体结论。
   • 法律适用差异：双方可能对相关法律法规的理解或适用存在分歧，导致用工主体的认定不一致。
   • 程序性错误：工伤认定过程中可能存在程序性错误，如未通知相关当事人、未充分听取意见等，影响了用工主体的准确认定。

2. 处理建议

   • 申请行政复议：

     • 如果认为工伤认定部门的决定存在错误，可以在收到决定书之日起60日内向上一级行政机关申请行政复议。
     • 在行政复议过程中，需要提供充分的证据和理由，证明法院查明的用工主体是正确的，或者工伤认定部门的决定存在错误。
     • 行政复议机关将对双方的主张和证据进行审查，并作出复议决定。

   • 提起行政诉讼：

     • 如果对行政复议结果不满意，或者认为行政复议机关未依法履行职责，可以在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起行政诉讼。
     • 在行政诉讼过程中，法院将独立、公正地审理案件，对双方的主张和证据进行全面审查，并作出判决。
     • 如果法院认为工伤认定部门的决定确实存在错误，将撤销或变更该决定，并可能责令工伤认定部门重新作出认定。

3. 注意事项

   • 保留证据：在整个处理过程中，务必保留好所有与用工主体相关的证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证等，以便在需要时提供证明。
   • 及时行动：无论是申请行政复议还是提起行政诉讼，都需要注意时效问题，确保在规定的期限内提出申请或起诉。
   • 寻求专业帮助：由于这类问题涉及复杂的法律程序和实体权利，建议寻求专业律师的帮助，以确保权益得到充分保障。

在处理这类问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径寻求救济。如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。