结论：政府以房屋抵款是否违法，需结合具体情况判断，包括PPP项目合同约定、政府抵款行为的合法性及程序合规性等。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：
- 如果PPP项目合同中明确约定了政府在特定情况下（如项目结束后不付费）可以以房屋等资产进行抵款，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么政府以房屋抵款的行为通常是合法的。
- 在此情况下，双方应按照合同约定履行各自义务，包括房屋的交付、产权过户等手续。
若合同中无明确约定：
- 如果PPP项目合同中未明确约定政府可以以房屋抵款，那么政府单方面提出以房屋抵款可能构成违约行为。
- 此时，项目公司有权要求政府按照合同约定支付款项，并可以寻求法律途径维护自身权益，如提起诉讼或申请仲裁。
二、政府抵款行为合法性角度
政府抵款行为的法律依据：
- 政府以房屋抵款的行为，本质上是一种债务清偿方式。根据《民法典》等相关法律法规，债务人可以用其合法拥有的财产来清偿债务。
- 然而，政府作为特殊主体，其抵款行为还需符合相关行政法规和政策规定，如不得违反国有资产管理规定、不得损害公共利益等。
政府抵款行为的程序合规性：
- 政府以房屋抵款还需遵循一定的程序，如资产评估、产权过户等。如果政府未按照法定程序进行抵款，可能构成程序违法。
- 例如，政府未对房屋进行合法评估，导致抵款价值低于实际债务价值，可能损害项目公司的合法权益。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果政府以房屋抵款的行为合法且程序合规，那么项目公司应接受抵款并办理相关手续。
- 如果政府以房屋抵款的行为违法或程序不合规，项目公司有权拒绝接受抵款，并可以要求政府按照合同约定支付款项。同时，项目公司还可以寻求法律途径维护自身权益，如提起诉讼或申请仲裁，要求政府承担违约责任或赔偿损失。
建议：
- 在面对政府以房屋抵款的情况时，项目公司应首先审查PPP项目合同中的相关约定，了解政府抵款行为的合法性和程序合规性。
- 如果合同中有明确约定且政府行为合法合规，项目公司应积极配合办理相关手续；如果合同中无明确约定或政府行为存在违法违规情况，项目公司应及时与政府沟通协商，并寻求法律途径维护自身权益。
进一步思考：在实际操作中，政府以房屋抵款可能涉及复杂的法律关系和程序问题。因此，项目公司在处理此类问题时，应充分了解相关法律法规和政策规定，并咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。