结论：公司长期补贴餐费被扣除是否合法，需根据具体情况判断，包括补贴的性质、公司规章制度以及劳动合同的约定等。以下从不同角度进行分析：

1. 补贴性质与劳动合同约定：

   • 若餐费补贴是公司作为员工福利的一部分，且明确写入劳动合同或公司规章制度中，作为员工应享有的固定待遇，那么公司无故扣除可能构成违约，员工有权要求公司补发。
   • 若餐费补贴是公司根据经营状况或员工表现临时发放的，且未在劳动合同或规章制度中明确约定为固定待遇，那么公司可能根据内部规定或实际情况进行调整或扣除，但需确保调整或扣除的合理性，并提前告知员工。

2. 公司规章制度与民主程序：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 若公司规章制度中明确规定了餐费补贴的发放与扣除条件，且该规章制度经过民主程序制定并公示，员工对此知情并同意，那么公司按照规章制度扣除餐费补贴可能是合法的。
   • 若公司规章制度未经民主程序制定，或未公示、未告知员工，那么该规章制度对员工不具有约束力，公司据此扣除餐费补贴可能构成违法。

3. 扣除的合理性：

   • 即使公司规章制度中规定了餐费补贴的扣除条件，公司也需确保扣除的合理性。例如，若员工因个人原因（如迟到、早退、旷工等）违反公司规定，公司可根据规定扣除相应餐费补贴，但扣除金额应合理，且不得超过员工应得餐费补贴的总额。
   • 若公司无正当理由或扣除金额不合理，员工有权要求公司补发被扣除的餐费补贴，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议：

• 员工应仔细审查劳动合同和公司规章制度中关于餐费补贴的条款，了解自己的权益和义务。
• 若公司扣除餐费补贴，员工可要求公司出具书面说明，明确扣除的原因和依据。
• 若员工认为公司扣除餐费补贴不合法或不合理，可与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

法律后果：

• 若公司违法扣除餐费补贴，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
• 员工因公司违法扣除餐费补贴而遭受损失的，有权要求公司赔偿损失，包括被扣除的餐费补贴及可能产生的利息、交通费等合理费用。